[发明专利]构建RRBS文库的Y型接头、试剂盒及方法在审
| 申请号: | 202010881059.1 | 申请日: | 2020-08-27 |
| 公开(公告)号: | CN111945232A | 公开(公告)日: | 2020-11-17 |
| 发明(设计)人: | 郭松;孔维茜;李彪;骞蕾阳;吴国营;沈世超 | 申请(专利权)人: | 天津诺禾医学检验所有限公司 |
| 主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;C12N15/11;C12Q1/6806 |
| 代理公司: | 北京康信知识产权代理有限责任公司 11240 | 代理人: | 路秀丽 |
| 地址: | 301700 天津市*** | 国省代码: | 天津;12 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 构建 rrbs 文库 接头 试剂盒 方法 | ||
1.一种构建RRBS化文库的Y型接头,其特征在于,所述Y型接头包括:
甲基化接头1:5'-acactctttccctacacgacgctcttccgatctn1-3';
甲基化接头2:5'-n2n1’agatcggaagagcacacgtctgaactccagtcac-3';
其中,所述甲基化接头1和所述甲基化接头2退火形成所述Y型接头,所述甲基化接头1和所述甲基化接头2中的碱基c均为甲基化修饰的c,n1和n1’为互补配对的保护碱基序列,n1或n1’的碱基数目为6~12个,n2为酶切位点粘性末端碱基,n2的碱基数目为1~5个。
2.根据权利要求1所述的Y型接头,其特征在于,所述保护碱基序列为6~8个随机碱基形成的序列。
3.根据权利要求1所述的Y型接头,其特征在于,所述n2的碱基数目为2~4个。
4.根据权利要求1所述的Y型接头,其特征在于,所述酶切位点粘性末端碱基为MspI、BglII、XmaI或TaqI酶切产生的末端碱基。
5.根据权利要求1所述的Y型接头,其特征在于,
所述甲基化接头1为:5'-acactctttccctacacgacgctcttccgatctatgcag-3';
所述甲基化接头2为:5'-cgctgcatagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcac-3',
其中,所述甲基化接头1和所述甲基化接头2中的碱基c均为甲基化修饰的c。
6.一种构建RRBS文库的方法,其特征在于,所述方法包括:
采用内切酶及权利要求1-5中任一项所述的Y型接头,对待测基因组DNA进行边酶切边连接接头,得到带接头片段;
对所述带接头片段进行片段长度选择,得到目标长度片段;
对所述目标长度片段进行CT转化,得到转化片段;
对所述转化片段进行PCR扩增,得到所述RRBS文库。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,采用电泳切胶回收的方法对所述带接头片段进行片段长度选择,得到所述目标长度片段。
8.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,对所述转化片段进行PCR扩增后,还包括对PCR扩增产物进行纯化,从而得到所述RRBS文库。
9.一种构建RRBS文库的试剂盒,所述试剂盒包括Y型接头,其特征在于,所述Y型接头为权利要求1-5中任一项所述的Y型接头。
10.根据权利要求9所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括核酸内切酶,所述核酸内切酶产生的粘性末端的碱基与所述Y型接头中n2所示的酶切位点粘性末端碱基相同。
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