[发明专利]病毒适应人类宿主的突变位点的预测方法及其应用

权利要求书

1.病毒适应人类宿主的突变位点的预测方法，其特征在于，包括：

1)将来自动物体的病毒基因组序列与人类miRNA数据库进行比对，利用miRanda算法找出病毒基因组上与人类miRNA互补的靶序列，且靶序列与相应miRNA杂交的最小自由能≤-25kcal/mol，形成靶序列集合I；

2)将分离自人体的病毒变体基因组序列与人类miRNA数据库进行比对，利用miRanda算法找出病毒变体基因组上与人类miRNA互补的靶序列，且靶序列与相应miRNA杂交的最小自由能≤-25kcal/mol，形成靶序列集合II；

3)从只存在于靶序列集合I而不存在于靶序列集合II中的差异靶序列中筛选得到病毒适应人类宿主的突变位点；

其中，步骤2)中所述的病毒变体为步骤1)中所述病毒的人类适应株。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述与miRNA互补的靶序列是指利用miRanda算法得分大于120的短序列。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述病毒选自冠状病毒属的病毒。

4.根据权利要求1-3任一项所述方法获得的病毒适应人类宿主的突变位点的以下任一应用：

1)用作治疗或预防病毒感染的药物靶标；

2)用作病毒宿主范围的生物标志物；

3)用作病毒在人群中传播能力的生物标志物；

4)用于病毒溯源。

5.冠状病毒适应人类宿主的突变位点，其特征在于，选自如下①～④中的至少一种：

①SARS-CoV-2突变位点1：包含SARS-CoV-2病毒基因组中与miR-200c-3p互补的靶序列，其在SARS-CoV-2病毒株Wuhan-Hu-1基因组中的位置为9400-9425nt；

②SARS-CoV-2突变位点2：包含SARS-CoV-2病毒基因组中与miR-146b-5p互补的靶序列，其在SARS-CoV-2病毒株Wuhan-Hu-1基因组中的位置为12094-12119nt；

③SARS突变位点：包含SARS病毒基因组中与miR-99b-5p互补的靶序列，其在SARS病毒株Tor2基因组中的位置为18071-18726nt；

④MERS突变位点：包含MERS病毒基因组中与miR-99b-5p互补的靶序列，其在MERS病毒株England-1基因组中的位置为12687-12712nt。

6.根据权利要求5所述的突变位点，其特征在于，SARS-CoV-2突变位点1至少包含与miR-200c-3p的5’端第8位及第11位碱基G对应的SARS-CoV-2病毒基因组上的碱基C变为U、A或G，导致失去互补性的多态性位点；

SARS-CoV-2突变位点2至少包含与miR-146b-5p的5’端第3位或第6位碱基A对应的SARS-CoV-2病毒基因组上的碱基U变为C、A或G，导致失去互补性的多态性位点；

SARS突变位点至少包含与miR-99b-5p的5’端第11位碱基A对应的SARS病毒基因组上的碱基U变为C、A或G，导致失去互补性的多态性位点；

MERS突变位点至少包含与miR-99b-5p的5’端第5位碱基C对应的MERS病毒基因组上的碱基G变为A、U或C，导致失去互补性的多态性位点。

7.权利要求5或6所述突变位点的以下任一应用：

1)用作治疗或预防冠状病毒感染的药物靶标；

2)用作冠状病毒宿主范围的生物标志物；

3)用作冠状病毒在人群中传播能力的生物标志物；

4)用于冠状病毒溯源。

8.用于治疗或预防冠状病毒感染的药物或组合物，其特征在于，其包含：靶向权利要求5或6所述突变位点的RNAi抑制剂；

其中，所述抑制剂选自shRNA、siRNA、dsRNA、miRNA、cDNA、反义RNA/DNA中的至少一种。