[发明专利]一组对虾生长相关SNP标记及其在育种中的应用

说明书

本发明属于水产动物分子标记辅助育种领域，具体涉及一组对虾生长相关的SNP标记及其在育种中的应用。所述的生长相关标记如序列SNP3085_190487、SNP1678_860109、SNP3406_465799、SNP2570_399791所示，其标记的优势基因型分别为CC、GG、GG、CC，通过对其中的1个或者多个SNP标记进行基因分型和标记选择，能够显著提高对虾的生长速度。本发明同时公开了一组生长相关标记在遗传育种的应用。相对于传统选育方法，利用性状相关的分子标记辅助选育具有准确高效的特点，并且本专利所提供的多个标记可以组合使用，通过标记聚合实现生长性状的快速改良，在高产品种的培育中具有广阔的应用前景。

技术领域

本发明属于水产动物遗传育种和分子育种领域，具体涉及一组对虾生长相关SNP标记及其在育种中的应用。

背景技术

对虾养殖是我国海水养殖的重要组成部分，我国对虾的年产量达160多万吨，其中凡纳滨对虾是主要的养殖品种，占我国对虾养殖产量的90％以上。凡纳滨对虾同时也是世界养殖产量最大的对虾品种，年产值达240亿美金，是世界水产贸易中单一品种产值最高的水产养殖动物。

遗传育种对于推动对虾养殖业的发展做出了重要贡献，生长性状作为与产量直接相关的经济性状是主要的遗传改良性状，传统选育主要通过群体选育、家系选育、BLUP选育等传统选育方法进行遗传改良，对于生长性状的遗传改良速度较慢，往往需要连续多代的选育才能获得稳定遗传的育种群体。随着分子生物学和基因分型技术的发展，定位生长相关分子标记和基因，利用生长相关标记和基因开展标记辅助选育(MAS)和基因辅助选育(GAS)成为可能。相较于传统选育技术，MAS和GAS技术具有准确率高，选育周期短的特点，并且利用分子标记聚合可以实现多种目标优势性状的聚合，提高选育进展。

在前期研究中，研究人员利用连锁分析和全基因组关联分析定位了凡纳滨对虾多个生长相关的QTL和分子标记及基因，并利用这些分子标记开展了分子标记辅助育种研究。然而，生长性状是一种由多基因控制的数量性状，目前对于生长性状的解析尚不清楚。并且前期研究使用的SNP标记数较少(6000-20000)，无法精细定位到生长相关的基因。随着凡纳滨对虾基因组参考序列的公布，利用参考基因组进行SNP分型能够显著提高分型准确率和标记数，为更加精细的定位生长相关基因提供了重要基础。

本发明旨在利用公布的凡纳滨对虾基因组序列对前期获得的200个2b-RAD分型个体进行重新分析，通过全基因组关联分析，发掘凡纳滨对虾基因组中与生长相关的SNP标记，并通过验证获得可靠的生长相关SNP标记，建立生长相关SNP标记辅助对虾遗传选育的方法。

发明内容

本发明的目的是提供一组对虾生长相关SNP标记及其在育种中的应用，从而加速凡纳滨对虾生长性状的遗传改良。

为实现上述目的，本发明采用的技术方案为：

一组对虾生长相关的SNP标记，其特征在于具有SNP3085_190487、SNP1678_860109、SNP3406_465799、SNP2570_399791所示的序列，SNP位点位于这些序列的101bp位置，每个SNP位点的优势等位基因型分别为CC、GG、GG、CC、，即CC、GG、GG、CC基因型的个体较其他基因型的个体具有更快的生长速度。

一组对虾生长相关SNP标记在育种中的应用，即从上述所述的生长相关SNP标记中选择1个或者多个对育种个体进行基因分型，选择保留优势等位基因型的个体或者具有较多优势等位基因型的个体留种，提高育种个体的生长速度(体重增长)。

上述该SNP标记在凡纳滨对虾(体重性状)分子标记辅助育种中的应用，该应用也属于本发明的保护范围。

序列表

SNP3085_190487