[发明专利]一种用于检测甲状腺癌预后相关基因变异的引物及试剂盒

说明书

本发明提供了一种用于检测甲状腺癌预后相关基因变异的引物及试剂盒。本分明基于高通量测序技术，能够快速、全面、准确地检测BRAF基因T1799A、A1801G突变，TERT基因C228T、C250T突变，RET基因T2753C突变，EIF1AX基因G25C/A/T、G370T、G371T突变和TP53基因G818A突变。这些基因的上述位点突变与甲状腺癌的预后密切相关。因此使用本发明对患者的样本进行检测，可以协助医生对甲状腺癌患者的预后情况进行评估和判断，对医生选择合适的手术方式以及有针对性地制定术后随访方案提供有价值的决策依据和参考信息，有助于提高甲状腺癌患者的治疗效果及生存质量，具有非常重要的临床价值。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及一种用于检测甲状腺癌预后相关基因变异的引物及试剂盒。

背景技术

甲状腺癌是最常见的内分泌恶性肿瘤。根据GLOBOCAN2018的数据，全球甲状腺癌的发病人数占全部恶性肿瘤的3.1%，占女性恶性肿瘤的5.1%。自20世纪70年代以来，全世界大部分地区，包括美国、加拿大、欧洲、澳大利亚、亚洲和南美洲部分地区，均报道了甲状腺癌发病率的迅速上升和相对稳定的死亡率。根据中国癌症中心的统计数据显示，我国女性甲状腺癌的发病率位居女性所有恶性肿瘤的第4位。

甲状腺癌可分为乳头状癌、滤泡状癌、髓样癌和未分化癌，其中乳头状癌和滤泡状癌预后较好，未分化癌预后最差。但也有研究表明，部分甲状腺乳头状癌和滤泡状癌患者的预后也比较差，不同的基因发生突变可能是影响其预后质量的关键因素。随着分子生物学技术的进展，分子诊断在甲状腺癌预后评估中的作用和价值，逐渐受到人们的关注。BRAF基因突变和TERT基因突变是甲状腺癌预后不良的重要指标。无论BRAF基因T1799A或TERT基因C228T/C250T单独还是同时发生突变，患者的无复发生存率均明显下降。但BRAF基因A1801G突变则是甲状腺滤泡型腺瘤或滤泡型甲状腺乳头状癌（Follicular Variants ofPapillary Thyroid Carcinoma，FVPTC）中的特有突变。临床数据证实，和BRAF基因T1799A突变不同的是，BRAF基因A1801G突变往往是患者预后较好的指标之一。此外，RET基因T2753C突变也与甲状腺癌患者的预后差有显著相关。相比于RET基因野生型患者，RET基因T2753C突变患者更容易发生远端转移，无转移生存期缩短，生存率显著降低。携带EIF1AX基因G25C/A/T、G370T或G371T突变的甲状腺癌患者，其预后也较EIF1AX基因野生型患者差，易发生远端转移，易出现疾病复发。此外，TP53基因G818A突变，也是甲状腺癌的重要致病突变，且很多的在未分化甲状腺癌中被检出，这部分患者的预后普遍较差。

目前检测基因突变，常用的检测方法包含，一代测序（Sanger测序）法、扩增阻滞突变系统PCR（ARMS-PCR）法、数字PCR（dPCR）法等。Sanger测序法是基因检测的“金标准”，能够直接检测不同碱基突变信号，结果分析方便，但是该方法的检测灵敏度较低，无法检出低水平的突变，且操作步骤多，耗时长。ARMS-PCR法对于多基因多位点的检测，往往需要进行多管反应，耗时耗力。dPCR法适用于低拷贝量样本，低频突变样本的检测，但是操作过程较多，操作对结果影响较大，而且耗材成本高，通量小。

因此，我们发明了一种基于高通量测序（NGS测序）法，能快速、全面、准确地检测一组甲状腺癌预后相关基因的多个变异位点的引物组合及试剂盒。通过对一组甲状腺癌预后相关的基因变异进行检测，其检测结果可以用来协助医生对甲状腺癌患者的预后情况进行评估和判断，对医生选择合适的手术方式以及有针对性地制定术后随访方案提供有价值的决策依据和参考信息，有助于提高甲状腺癌患者的治疗效果及生存质量，具有非常重要的临床价值。

发明内容

本发明的主要目的在于提供一种基于二代测序技术的能快速、全面、准确地检测甲状腺癌预后相关基因变异的引物及试剂盒，为评估甲状腺癌预后情况提供良好的辅助作用。使用本发明方法，可以同时检测5个基因上的9个突变位点，所述9个突变位点分别如表1所示：

表1 基因名称和突变位点表