[发明专利]一种用于坡鹿亲子鉴定的SSR荧光标记引物和鉴定方法

说明书

本发明公开了一种用于坡鹿亲子鉴定的SSR荧光标记引物和鉴定方法。本发明提供海南坡鹿亲子鉴定的SSR荧光标记引物，可用于海南坡鹿亲子鉴定及家系管理，从而合理的指导海南坡鹿人工繁育工作，为保护海南坡鹿的遗传多样性，种群遗传机构等研究提供了强有力的工具。另外本发明还采用添加M13接头的方法，仅需合成一个M13荧光标记引物进行PCR扩展，从而节省了合成大量荧光引物所花费的成本和时间。

技术领域：

本发明属于动物亲子鉴定领域，具体涉及一种用于坡鹿亲子鉴定的SSR荧光标记引物和鉴定方法。

背景技术：

我国是世界上鹿类动物种类数最多的国家，鹿科动物的种类多样性是我国重要的生物资源，现共有9属16种。其中，海南坡鹿(Cervus eldi hainanus)是我国的特有种，仅分布于海南岛。自20世纪70年代后，由于严重的非法捕杀及栖息地大规模的破坏，使得海南坡鹿的野生种群急剧下降，最严重时期仅剩少量个体(仅26头左右)，主要分布在海南大田国家自然保护区等地。目前海南坡鹿已被列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》(Convention on international trade in endagered species of wild fauna andflora,CITES)，被世界自然保护联盟(IUCN)列为濒危物种，在中国濒危动物红皮书中被列入濒危级保护动物，属于我国一级重点保护动物。

目前，为了扩大现生种群规模、增加遗传多样性、人工繁育和就地保护已经成为保护濒危物种的重要措施。虽然通过长期的就地保护措施，海南坡鹿的种群数量有所恢复，但由于种群经历了瓶颈效应和奠基者效应，新建种群与源种群出现遗传分化，新建立种群的遗传多样性低于源种群。而且小种群的坡鹿极易发生近亲繁殖，导致其生长性能及繁殖能力的下降等问题十分突出。因此建立一个稳定的人工饲养种群，避免近交繁殖导致的种群衰退，增加有效种群大以采取与亲缘关系最小的个体进行长期基因交流为目的的选育及优化配对工作显得尤为重要。目前，针对海南坡鹿的繁殖研究在海南地区原栖息地开展较多，但有关迁地保护和繁殖的研究报道仍然比较少。

微卫星DNA(Microsatellite)又称为简单重复序列(Simple Sequences Repeats,SSR),是常用的DNA分子标记，具有多态性丰富、杂合度高，共显性遗传、遗传稳定性良好等优点，获得结果可靠、方法简单、省时省力，因此被广泛应用于构建基因图谱、检测遗传变异、个体间亲子关系鉴定、种群遗传分析等研究领域。

目前，还没有将微卫星分子标记应用到海南坡鹿亲子鉴定和遗传管理的报道。

发明内容：

本发明的目的是针对上述问题，提供一种应用于海南坡鹿亲子鉴定的SSR荧光标记引物和亲子鉴定方法，用于解决海南坡鹿在繁殖配对过程中，由于小种群交配、不同亲本混养而导致的个体识别困难，谱系不清等难题，为海南坡鹿养殖场建立其家系谱系提供科学依据，以期合理的指导海南坡鹿人工种群的繁育保育工作。

本发明的应用于海南坡鹿亲子鉴定的SSR荧光标记引物组，是从以下引物对中任选4个以上

CES11：

F：5'-TGGAAGAAACCAAAAGAAGAACA-3'，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，R：5'-GTCGGACACGACTGAAGCTACT-3'，其核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；

CES19：

F：5'-ACTTGAGATTTAGACAAGCCTGG-3'，其核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，R：5'-TTGATTGTGCCAACTTTAGATGA-3'，其核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；

CES30：