[发明专利]南丹瑶鸡蛋壳颜色关联SNP分子标记的筛选方法及用途

说明书

本发明公开了南丹瑶鸡蛋壳颜色关联SNP分子标记的筛选方法：(1)从已知文献中找出与蛋品质相关的基因，设计引物；取南丹瑶鸡，采血提基因组DNA，混池测序；(2)取南丹瑶鸡母鸡作为试验鸡，从24周龄开始测鸡蛋的蛋壳颜色形状指标，60周龄结束；(3)采集60周龄试验鸡的血液并提取基因组DNA，对检测到的SNP位点PCR测序；(4)整理测序数据和蛋壳颜色数据，筛选出与蛋壳颜色显著关联的候选SNP位点，为蛋壳颜色选育提供SNP分子标记理论依据。本发明可应用于提高南丹瑶鸡鸡蛋蛋壳颜色的快速简捷培育的方法，简化了全基因组关联分析直接对性状相关基因进行SNP标记的筛选，适用于高遗传力的数量性状的选育。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，特别涉及一种南丹瑶鸡蛋壳颜色关联SNP分子标记的筛选方法及用途。

背景技术

随着人们生活水平的提升，鸡蛋的外观性状越来越受到重视。研究表明，蛋壳颜色与鸡蛋内部蛋品质没有直接联系，然而消费者往往会把蛋壳颜色作为衡量鸡蛋品质的重要指标，且蛋壳颜色对消费者的购买欲有较大影响。同时，不同地区对蛋壳颜色深浅的偏好会直接影响市场上鸡蛋的销量和售价,消费者不仅注重蛋壳颜色，对蛋壳颜色的均匀度也很重视，比如有些市场标准均一的深褐色鸡蛋价格高一些，而在一些其他市场则浅褐壳鸡蛋价格更高。褐壳鸡蛋的蛋壳颜色表型差异很大，对鸡蛋的销售价格产生影响，从而影响生产者和经营者的经济效益，蛋壳颜色是一个重要的经济性状。因此，探讨褐壳鸡蛋蛋壳颜色深浅形成的分子机理具有重要的生物学意义和经济价值。

利用传统的选育方法，国内外已经成功地培育了大量的畜禽品种。但是，传统育种主要凭借育种经验依据表型对后代进行选择，无法对目标基因的基因型进行直接选择，因此，选择效率和准确性较低。数量性状由多基因控制，往往在基因中起作用的是某个或几个SNP。

蛋壳颜色有着较高遗传力，是受多基因控制的性状。蛋壳颜色主要原卟啉IX、胆绿素和胆绿素的锌螯合物三种色素组成，壳蛋颜色主要分为粉壳、白壳和绿壳。目前，绿壳蛋形成的分子机理已解析清楚，而褐壳蛋形成包括原卟啉IX的合成、沉积和转运等一系列的过程，受到多个基因共同调控，表现出一系列颜色深浅程度的变异，而有关褐壳鸡蛋蛋壳颜色的形成机理研究较少。科学工作者曾使用不同品种产褐壳鸡蛋和白壳鸡蛋的鸡进行杂交，观察后代母鸡所产鸡蛋的蛋壳颜色的类型和比例，发现其不符合孟德尔的分离定律，说明褐壳蛋的形成受微效多基因控制。

公开于该背景技术部分的信息仅仅旨在增加对本发明的总体背景的理解，而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域一般技术人员所公知的现有技术。

发明内容

本发明针对上述技术问题，提供一种在基因组水平上直接选育个体，不依赖表型信息，加快育种进程。具体而言，与南丹瑶鸡鸡蛋蛋壳颜色关联的SNP分子标记具有克服性状表型鉴定的困难、可在生长发育早期选择、控制同一性状的多个SNP的利用、允许同时选择多个性状、性状评价和选择不具有破坏性。

本发明的另一个目的在于提供上述筛选方法筛选得到的SNP分子标记。

本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记的用途。

为实现上述目的，本发明提供的技术方案如下：

本发明所述的南丹瑶鸡蛋壳颜色关联SNP分子标记的筛选方法，包括以下操作步骤：

(1)从已知文献中找出与蛋品质相关的基因，根据基因序列设计引物；取南丹瑶鸡，采血提基因组DNA，混池后测序，检测在南丹瑶鸡上存在突变SNP位点的基因；

(2)取南丹瑶鸡母鸡作为试验鸡，从24周龄开始测定鸡蛋的蛋壳颜色形状指标，每4周测1次，每次连续测3天，沙壳蛋和畸形蛋不测，直到60周龄试验结束；其中，24-60周包括产蛋前期、产蛋中期、产蛋后期，因此能得到整个产蛋周期的表型数据；