[发明专利]与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明涉及植物遗传育种技术领域，尤其涉及与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标记及其应用。本发明提供了一种与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标志物，该分子标志物分别位于苎麻的第1号染色体上。经鉴定，该标志物与苎麻半纤维之间存在显著的相关性。在本发明所述的SNP位点，基因型为TT的半纤维素含量显著高于基因型为CC的，杂合基因型介于两者之间。通过对苎麻品种该SNP位点的基因型鉴定，即可预测苎麻原麻半纤维素水平。因此，利用该标志物可在苎麻生育早期鉴定出符合育种目标的苎麻种质，对苎麻原麻半纤维素含量水平的早期预测和筛选具有重要意义。有利于提高育种的效率，加快育种进程。

技术领域

本发明涉及植物遗传育种技术领域，尤其涉及与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标记及其应用。

背景技术

苎麻(Boehmerianivea L.)是我国特色的多年生韧皮纤维作物，为含有14对染色体的二倍体。苎麻原麻中除纤维素外，还含有半纤维素、果胶、木质素、脂蜡质等胶质成分，需经过去除这些胶质成分的脱胶过程，才能获得可供纺织利用的纤维。去除胶质的脱胶过程是苎麻加工过程中造成环境污染的主要环节，已成为苎麻产业发展的瓶颈。半纤维素占苎麻纤维总胶质的50％，对酸碱的稳定性高，是脱胶工艺的重点和难点。半纤维素是植物细胞壁的主要构成物质之一，主要功能是交连纤维素微纤丝。苎麻纤维中半纤维素含量高，还导致纤维脆硬、纤维品质下降。半纤维素含量是受多基因控制的复杂数量性状，传统育种方法对数量性状选择效率不高，遗传改良进程较慢。因此，开发半纤维素含量相关有效分子标记和候选基因，可为分子标记辅助选择以及基因克隆奠定基础，提高选择效率，加快品种改良进程。

半纤维素含量是苎麻特异的品质性状，已有研究测定了不同苎麻品种、不同部位半纤维素构成、含量的差异，但因其测定费时费力，工作量大，目前还没有利用分子标记技术对半纤维素含量进行QTL定位，获得有效分子标记的报道。研究表明，苎麻原麻半纤维素含量性状为多基因控制，易受环境影响，利用常规育种方法改良苎麻原麻半纤维素含量进展缓慢。因此，开发与苎麻中半纤维素含量相关的分子标志物，对促进苎麻种植资源的育种与改良具有重要意义。

发明内容

有鉴于此，本发明要解决的技术问题在于提供与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标记及其应用，从而利用分子生物学手段实现对苎麻种植资源的早期、快速鉴定。

本发明提供的与苎麻原麻半纤维素含量关联的SNP分子标记，其为Marker00075072。

所述Marker00075072的SNP位点位于SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的第101位碱基，存在3种基因型，分别为纯合C/C，纯合T/T，杂合型C/T(Y)；。

根据319份苎麻核心种质资源的测序结果，通过序列比对，获得了大量高质量SNP标记，对这些SNP标记进行进一步筛选，获得了与原麻半纤维素含量密切相关的标志物，该标记可用于遗传图谱构建、指纹图谱构建，为分子育种、系统进化、种质资源鉴定提供保障。

本发明所述的SNP分子标记在苎麻育种中的应用。

本发明还提供了一种苎麻种质检测试剂盒，其中包括检测所述的SNP分子标记中至少一个的检测试剂。

所述检测方法优选为PCR法。所述检测试剂包括检测引物和PCR扩增试剂。

本发明还提供了一种苎麻的育种方法，其包括：检测苎麻基因组中所述的SNP分子标记的基因型，根据基因型判断苎麻半纤维素含量的高低。

所述苎麻基因组为苎麻植株的基因组。所述植株包括：苎麻的根、茎、叶、花、种子及子叶。

所述根据基因型判断苎麻半纤维素含量的高低包括：

所示Marker00075072的SNP位点基因型为TT，则半纤维素含量高，基因型为CC，则半纤维素含量低。

所述半纤维素为苎麻原麻的半纤维素。