[发明专利]一种利用绵羊结构变异区间快速鉴定FecB基因的方法

说明书

本发明公开了一种利用绵羊结构变异区间快速鉴定FecB基因的方法。本发明在FecB基因上发现了一个绵羊特有的结构变异，即位于chr6:29413436‑29413526区域的91bp的缺失，且发现该缺失与chr6:A29315643G突变完全连锁，因此可基于该91bp缺失在DNA水平上直接鉴定FecB基因。本发明适用于快速鉴定绵羊个体携带的FecB基因，可用于辅助选育高繁殖性能绵羊个体，为快速培育绵羊优良品种、建立优质资源种群奠定基础。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及利用结构变异(SV)区间鉴定绵羊FecB基因的方法，并应用于分子标记辅助育种和选育。

背景技术

结构变异(SV，structural variation)指基因组水平上大片段的插入(Insertion)、缺失(Deletion)、倒位(Inversion)、易位(Translocation)等变异。利用某些染色体结构变异可以进行品种间的杂交或选育，从而大幅度提高家畜养殖的生产效益和经济效益。

目前已知与绵羊高繁殖力性状相关的基因包括BMP家族，其中最重要的为骨形态发生蛋白ⅠB型受体(BMPR1B)基因。绵羊和山羊遗传学命名委员会将含有FecB(FecundityBooroola)突变的BMPR1B基因命名为FecB基因。FecB基因是控制绵羊繁殖力的主要基因，由BMPR1B基因的编码区突变而来，已有研究结果证实突变位点位于绵羊参考基因组Oar_v4.0(NCBI登录号GCA_000298735.2)的chr6:A29315643G，即在29315643bp由A突变为G。该突变导致氨基酸取代，从而引起高繁(Wilson et al.,2001；Mulsant et al.,2001；Souza etal.,2001)。

由于携带FecB基因的个体繁殖力较高，在绵羊育种实践中，需要鉴定个体是否携带FecB基因，从而选留携带FecB基因的个体，特别是含有纯合突变的个体，这样可以快速提高种群的繁殖力。但基于单碱基差异鉴定FecB基因的方法，需要通过DNA测序或者利用限制性内切酶来进行突变位点的鉴定，检测过程操作繁琐、耗时，且鉴定成本较高。

发明内容

针对目前鉴定绵羊FecB基因的方法所存在的不足，本发明提供了一种利用绵羊结构变异区间快速鉴定FecB基因的方法，可用于辅助选育高繁殖性能绵羊个体，为快速培育绵羊优良品种、建立优质资源种群奠定基础。

为实现上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种利用绵羊结构变异区间鉴定FecB基因的试剂盒，该试剂盒包括FecB基因结构变异区间的扩增引物；所述结构变异区间为定位于绵羊参考基因组(Oar_v4.0)6号染色体:29413436-29413526bp(chr6:29413436-29413526bp)的缺失片段。

优选的，所述结构变异区间采用PCR扩增，相应的所述试剂盒具体包括用于构建PCR反应体系的必要试剂，其中，PCR扩增引物的设计模板选自所述结构变异区间两侧的上游序列区和下游序列区，或者选自某绵羊品种基因组中与所述上游序列区和下游序列区位置对应的区域。

优选的，所述上游序列区、下游序列区的长度均≤1000bp，该上、下游序列是考虑PCR的扩增片段长度限制的情况下，能够确保设计出特异扩增包含目标区域(例如，chr6:29413436bp-29413526bp)对应DNA片段的PCR扩增引物。

优选的，所述绵羊选自阿勒泰羊、澳大利亚美利奴羊、孟加拉绵羊、巴什拜羊、巴音布鲁克绵羊、策勒黑羊、新疆美利奴羊、杜泊绵羊、多浪羊、芬兰羊、加鲁特羊、德国美利奴羊、和田羊、湖羊、藏羊、滩羊、云南乌骨羊或小尾寒羊等品种的个体。

一种利用绵羊结构变异区间鉴定FecB基因的方法，包括以下步骤：