[发明专利]基于DNA甲基化的早期非小细胞肺癌复发模型构建方法

权利要求书

1.基于DNA甲基化的早期非小细胞肺癌复发模型构建方法，其特征在于，包括如下步骤：

步骤1：收集早期的非小细胞肺癌病例，并对病例患者的肿瘤以及癌旁正常组织提取DNA，并采用简化亚硫酸氢盐进行甲基化测序；

步骤2：对步骤1的测序数据，计算其甲基化位点的覆盖度和beta值；

步骤3：针对甲基化位点，搜索并合并其中的相关性高的甲基化位点，形成相应的甲基化区间；

步骤4：根据甲基化芯片的类型，挑选出能够被芯片探针检测的甲基化位点/区间作为训练数据建立甲基化风险得分模型，即为非小细胞肺癌复发模型；所述甲基化风险得分模型具有多个得分阈值，这些得分阈值可将甲基化风险得分模型计算出来的得分对应到高得分组、中得分组、低得分组中的一组；

甲基化风险得分模型的得分计算公式如下：

ModelScore＝1/(1+exp(-0.174+β_{chr10:101238903-101238917}×1.372+β_{chr18:22172331}×0.031+β_{chr6:10421227}×0.503+β_{chr6:158516326}×0.532+β_{chr9:23820981}×1.131-β_{chr1:58576441}×1.237-β_{chr11:9759297}×1.137-β_{chr17:72590998}×0.359-β_chr7:1587474×0.321))

其中，β_{chr10:101238903-101238917}、β_{chr18:22172331}、β_{chr6:10421227}、β_{chr6:158516326}、β_{chr9:23820981}、β_{chr1:58576441}、β_{chr11:9759297}、β_{chr17:72590998}、β_chr7:1587474分别是甲基化区间chr10:101238903-101238917以及甲基化位点chr18:22172331、chr6:10421227、chr6:158516326、chr9:23820981、chr1:58576441、chr11:9759297、chr17:72590998、chr7:1587474的beta值，ModelScore是模型的得分；

挑选训练数据的方法包括：将复发患者的癌症样本作为高风险组，未复发患者的癌症样本和所有正常样本作为低风险组，利用双侧Wilcoxon秩和检验计算出两组中显著差异的甲基化位点/区域作为训练数据，所述显著差异是指：Beta值差异不小于0.1，显著性P0.05。

2.如权利要求1所述的基于DNA甲基化的早期非小细胞肺癌复发模型构建方法，其特征在于，步骤2计算测序数据的甲基化位点的覆盖度和beta值之后，需排除至少1/4样本中覆盖度小于10X的甲基化位点。

3.如权利要求1所述的基于DNA甲基化的早期非小细胞肺癌复发模型构建方法，其特征在于，步骤3通过贪婪算法合并高度相关的甲基化位点，对于每一个甲基化位点，以该位点为种子进行贪婪搜索，分别将种子位点左侧和右侧最邻近的甲基化位点与种子位点合并，形成候选甲基化区间，分别计算两个候选甲基化区间的平均beta值和种子位点beta值在样本中的皮尔森相关系数，若二者中至少一个大于相关性阈值，则选取相关性更高的甲基化区间作为下一次搜索的种子区间，以此类推，反复迭代，直至左侧和右侧的相关系数均小于相关性阈值，搜索停止，最后形成最终的甲基化区间。

4.如权利要求3所述的基于DNA甲基化的早期非小细胞肺癌复发模型构建方法，其特征在于，所述相关性阈值为0.7。

5.如权利要求1所述的基于DNA甲基化的早期非小细胞肺癌复发模型构建方法，其特征在于，步骤4所述的甲基化芯片类型包括：RRBS，WGBS，450K或850K芯片。