[发明专利]一种罗氏沼虾线粒体COI基因扩增引物

说明书

本发明公开了一种罗氏沼虾线粒体COI基因扩增引物，该引物序列为：上游引物序列为SEQ ID NO.1，即COIF：5'‑CAACGTAATTGTCACTGCCCACG‑3'；下游引物序列为SEQ ID NO.2，即COIR：5'‑GTATCTGTGATCTGCTGGTGGGA‑3'。本发明的一种罗氏沼虾线粒体COI基因扩增引物可使获得的罗氏沼虾线粒体COI基因片段长度增加至1300 bp左右，且该引物具有条带单一、扩增效率高的特点，能够更好地满足后续罗氏沼虾线粒体基因组研究以及罗氏沼虾群体遗传多样性研究的需要。

技术领域

本发明涉及虾类生物线粒体基因获取技术领域，

尤其是，本发明涉及一种罗氏沼虾线粒体COI基因扩增引物。

背景技术

罗氏沼虾( Macrobrachiumrosenbergii) 隶属于甲壳纲(Crustacea)、十足目(Decapoda)、长臂虾科(Palaemonidae)、沼虾属( Macrobrachium)，原产于东南亚的热带和亚热带地区，是淡水虾类养殖中个体最大的品种，在东南亚一些天然水域里，发现其最大个体中，雄虾体长可达40cm、体重654g，雌虾体长25cm、体重200g。中国自1976年引进该虾，经过广大科研工作者及产业推广者的努力，中国已成为全球罗氏沼虾养殖最多的国家，养殖产量占世界总产量的60%左右。但由于长期近亲繁殖、高密度养殖等，引起种质衰退、抗逆能力差、性早熟等，严重影响了虾农的增产增收。因此，进一步培育满足产业与市场需求的经济性状优良的罗氏沼虾新品种或新品系迫在眉睫。遗传多样性是物种进化的基础，与进化潜力和适应力呈正相关，遗传多样性越高的群体，其生产性状如活力、生长速度、产卵量、环境适应力及抗病性能等提高的潜力越大。因此，遗传多样性水平不仅制约着生物的适应性进化，也是选择育种的前提。

线粒体DNA (mitochondrial DNA, mtDNA)是一种核外的遗传物质，与核DNA相比，mtDNA具有分子量小、结构简单、进化速度快、母系遗传等特点。另外，mtDNA基因排列紧凑，几乎没有间隔序列和内含子，易采用通用引物进行PCR扩增获得目的基因片段。因此，线粒体基因被认为是研究动物进化、群体遗传多样性和遗传结构的有力工具。目前，已有一些关于罗氏沼虾线粒体COI基因遗传多样性的研究报道，但已有的研究采用的COI基因片段都较短，长度约400bp～500bp，提供的数据量有限。

发明内容

为了克服上述现有技术的不足，本发明的目的在于提供一种罗氏沼虾线粒体COI基因扩增引物。

为解决上述问题，本发明采用如下技术方案：

一种罗氏沼虾线粒体COI基因扩增引物，该引物序列为：

上游引物序列为SEQ ID NO.1，即COIF：

5'- CAACGTAATTGTCACTGCCCACG-3'；

下游引物序列为SEQ ID NO.2，即COIR：

5'-GTATCTGTGATCTGCTGGTGGGA-3'。

本发明还提供一种如权利要求1所述的罗氏沼虾线粒体COI基因扩增引物的设计方法，包括以下步骤：

登陆美国国立生物技术信息中心下载已有的罗氏沼虾线粒体基因组全序列；

将下载的罗氏沼虾线粒体基因组序列用ClustalX软件进行比对，并定位COI基因的位置，确定其两端保守区域；

在确定的保守区域用引物设计软件primer6进行上下游引物的设计。