[发明专利]基于众核平台上面向二代测序数据的序列比对方法及系统

权利要求书

1.基于众核平台上面向二代测序数据的序列比对方法，其特征是，包括：

读入数据：读入基因测序仪测得的基因测序数据，根据基因测序的数据格式，对其中的碱基数据进行序列比对计算处理；

其中，序列比对计算处理步骤为：根据处理器计算性能，自适应的调整读入的数据块大小，利用处理器的向量处理单元，采用指令集对计算过程进行固定宽度的向量化并行；

基于内存池策略利用预分配策略和轻量级的内存分配策略对读入的数据块进行存储，通过指针操作，模拟分配内存的过程，并通过对索引数据的压缩，将压缩后的数据存储在内存中，通过压缩减少对内存的使用；

根据处理器计算性能，将第一次读取的数据取一个较小的数据块，通过信号量标记读取的数据是否完成计算，在数据进行计算时读取下一块数据，计算完毕修改信号量结束当前读取，进行计算，使用动态方法确定可变块数据大小完成数据读取与计算的掩盖。

2.如权利要求1所述的基于众核平台上面向二代测序数据的序列比对方法，其特征是，在使用内存之前，先申请分配一定数量的内存块备用，通过指针操作，模拟分配内存的过程，当程序有新的内存使用需求时，就从内存池中分出一部分内存块，若内存块不够再继续申请新的内存，对于每个线程，初始化一个内存池，线程内频繁调用的计算部分，使用内存池分配内存，提高内存分配效率。

3.如权利要求1所述的基于众核平台上面向二代测序数据的序列比对方法，其特征是，进行传参时，将本批次实际进行计算的target个数传入计算方法，并据此设置掩码，初始化向量后，最后将结果返回时，按照掩码来存储信息，返回实际应该进行了计算的得分值。

4.基于众核平台上面向二代测序数据的序列比对系统，其特征是，包括处理器，所述处理器被配置为：

读入数据：读入基因测序仪测得的基因测序数据，根据基因测序的数据格式，对其中的碱基数据进行序列比对计算处理；

其中，序列比对计算处理步骤为：根据处理器计算性能，自适应的调整读入的数据块大小，利用处理器的向量处理单元，采用指令集对计算过程进行固定宽度的向量化并行；

基于内存池策略利用预分配策略和轻量级的内存分配策略对读入的数据块进行存储，通过指针操作，模拟分配内存的过程，并通过对索引数据的压缩，将压缩后的数据存储在内存中，通过压缩减少对内存的使用；

根据处理器计算性能，将第一次读取的数据取一个较小的数据块，通过信号量标记读取的数据是否完成计算，在数据进行计算时读取下一块数据，计算完毕修改信号量结束当前读取，进行计算，使用动态方法确定可变块数据大小完成数据读取与计算的掩盖。

5.如权利要求4所述的基于众核平台上面向二代测序数据的序列比对系统，其特征是，首先根据平台计算能力，将第一次读取的数据取一个较小的数据块，通过信号量标记读取的数据是否完成计算，在数据进行计算时读取下一块数据，计算完毕修改信号量结束当前读取，进行计算，使用动态方法确定可变块数据大小完成数据读取与计算的掩盖。

6.如权利要求4所述的基于众核平台上面向二代测序数据的序列比对系统，其特征是，在真正使用内存之前，先申请分配一定数量的内存块备用，通过指针操作，模拟分配内存的过程，当程序有新的内存使用需求时，就从内存池中分出一部分内存块，若内存块不够再继续申请新的内存，对于每个线程，初始化一个内存池，线程内频繁调用的计算部分，使用内存池分配内存，提高内存分配效率。

7.如权利要求4所述的基于众核平台上面向二代测序数据的序列比对系统，其特征是，进行传参时，将本批次实际进行计算的target个数传入计算方法，并据此设置掩码，初始化向量后，最后将结果返回时，按照掩码来存储信息，返回实际应该进行计算的得分值。