[发明专利]一种猪背膘厚的分子标记辅助选择方法及其应用

说明书

本发明公开了一种猪背膘厚的分子标记辅助选择方法及其应用，所述方法通过鉴定与猪背膘厚相关的SNP标记的基因型来选择低背膘厚的猪个体。所述与猪背膘厚相关的SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体第15,352,042个脱氧核苷酸处，其碱基类型为C或T，该位点处的基因型为CC的个体，其背膘厚度显著低于TC和TT基因型个体。本发明提供的猪背膘厚的分子标记辅助选择方法，操作简单，准确性高，可以为猪生产性状的分子标记辅助选择提供科学依据。

技术领域

本发明属于猪育种技术领域，具体涉及一种猪背膘厚的分子标记辅助选择方法及其应用。

背景技术

猪生长性能的高低是由瘦肉率、脂肪含量、猪肉品质以及饲料利用率等指标决定的，这些性状常用于猪的遗传改良评估。背膘厚度是衡量猪生长性能的一个重要指标，其定义为猪倒数第3～4根肋骨处的背膘厚，其不仅可以影响与瘦肉率相关的生长性状，还与产仔数等繁殖性状相关。在猪育种工作中，背膘厚度是衡量猪品种优劣的一个重要参考指标，可用于选育优良品种。

遗传因素是影响猪背膘厚度的一个主要原因，但是，与猪背膘厚度相关的数量性状基因座(QTL)数目比较多，分布比较密集，且在每个染色体上都有分布，因此很难通过QTL图谱鉴定到真正影响背膘厚度的功能基因。而SNP(单核苷酸多态性)作为第三代分子标记，易于基因分型，数量众多，分布广泛，代表性强并且遗传稳定性好，还具有检测通量高、便于自动化分析等特点。因此，SNP在QTL定位、家畜遗传图谱构建、标记辅助选择以及功能基因组分析等方面应用广泛，极大地促进了分子标记辅助育种。

因此，背膘厚度的遗传规律改良对改善猪肉质性状和提高生产效率具有重要意义，亟需发掘与猪背膘厚相关的SNP标记，以用于分子标记辅助选择。

发明内容

为了克服上述问题，本发明人进行了锐意研究，检测得到了一种与猪背膘厚显著相关的SNP标记，该标记位于猪基因组2号染色体正义链上，其碱基类型为C或T，具体位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体第15,352,042个脱氧核苷酸处，该位点处的基因型为CC的个体，其背膘厚度显著低于TC和TT基因型个体。可以通过选择该位点的基因型为CC的猪来辅助早期选择低背膘厚的猪个体，缩短了育种周期，提高了猪养殖业的经济效益与社会价值，从而完成了本发明。

具体来说，本发明的目的在于提供以下方面：

本发明提供了一种与猪背膘厚相关的SNP标记，其中，所述SNP标记位于猪基因组2号染色体正义链上，其碱基类型为C或T。

其中，所述SNP标记位于猪基因组2号染色体的15.35Mb处，处于平均背膘厚、瘦肉百分比、日采食量、心脏重量、第十肋骨背膘肉和肩部皮下脂肪厚度性状相关的QTL区域。

其中，所述与猪背膘厚相关的SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体第15,352,042个脱氧核苷酸处。

其中，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体第15,352,042个脱氧核苷酸处SNP标记的CC基因型个体，其背膘厚度显著低于TC和TT基因型个体。

本发明还提供了一种用于检测上述SNP标记的引物对，其中，所述引物对包含SEQID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。

本发明还提供了一种用于检测上述SNP标记的试剂盒，其中，所述试剂盒包括引物对P1和P2，所述P1的核苷酸序列包括SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列；

所述P2的核苷酸序列包括SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。

其中，所述试剂盒还包括PCR扩增体系，优选包括PCR缓冲液、dNTP和DNA聚合酶。