[发明专利]一种基于鼻腔微生物相对丰度评价保育猪所处环境温湿状态的方法

权利要求书

1.一种基于鼻腔微生物相对丰度评价保育猪所处环境温湿状态的方法，其特征在于，所述方法是通过同时测定保育猪鼻腔内门、纲、目、科、属、种水平的微生物的相对丰度来评价保育猪个体生长环境温湿状态；所述微生物包括：梭杆菌门（Fusobacteria）、放线菌纲（Actinobacteria）、Erysipelotrichia菌纲、Lichtheimiaceae菌科、伯杰氏菌属（Bergeyella）、克雷伯氏菌属（Klebsiella）、巨单胞菌属（Megamonas）、Butyricicoccus菌属、拟杆菌属（Bacteroides）、Intestinimonas菌属、Anaerostipes菌属、Pseudopedobacter菌属、Flavisolibacter菌属、Propionimicrobium菌属、二氧化碳噬纤维菌属（Capnocytophaga）、Chryseolinea菌属、Alkalibacterium菌属、明串珠菌属（Leuconostoc）、Clostridium_disporicum菌种、唾液乳杆菌（Lactobacillus_salivarius）、Dorea_longicatena菌种、Ruminococcus_callidus菌种、粘液真杆菌（Eubacterium_limosum）、Ochrobactrum_pseudogrignonense菌种、Alicyclobacillus_pomorum菌种、Pseudoxanthomonas_indica菌种、眼虫目（Euglenida）、Pyrus菌属、Sterkiella菌属、白色念珠菌（Candida_albicans）、Pyrus_x_bretschneideri菌种；

所述方法的具体步骤为：

（1）建立并选取鼻腔微生物相对丰度与反映保育猪生长所处的温湿环境状态的保育猪所处环境温湿指数的回归模型如下：

THI=76.44-5.12x₁-49.90x₂+183.75x₃+113467.5x₄+8.46x₅+62.63x₆+167.81x₇-194.40x₈-430.14x₉-845.78x₁₀-641.75x₁₁+8802.26x₁₂+38456.91x₁₃+47619.7x₁₄-63835.86x₁₅+20909.23x₁₆+37974.96x₁₇+38386.48x₁₈-27.50x₁₉-1105.19x₂₀-1599.53x₂₁-3461.54x₂₂-1647.85x₂₃+451.76x₂₄-576.22x₂₅+13202.74x₂₆-123721.2x₂₇-1069.93x₂₈-11177.17x₂₉-487.09x₃₀-129.91x₃₁；该模型为LASSO模型，决定系数R²=0.9991；

其中，THI为保育猪所处环境温湿指数、x₁至x₃₁分别代表保育猪鼻腔梭杆菌门、放线菌纲、Erysipelotrichia菌纲、Lichtheimiaceae菌科、伯杰氏菌属、克雷伯氏菌属、巨单胞菌属、Butyricicoccus菌属、拟杆菌属、Intestinimonas菌属、Anaerostipes菌属、Pseudopedobacter菌属、Flavisolibacter菌属、Propionimicrobium菌属、二氧化碳噬纤维菌属、Chryseolinea菌属、Alkalibacterium菌属、明串珠菌属、Clostridium_disporicum菌种、唾液乳杆菌、Dorea_longicatena菌种、Ruminococcus_callidus菌种、粘液真杆菌、Ochrobactrum_pseudogrignonense菌种、Alicyclobacillus_pomorum菌种、Pseudoxanthomonas_indica菌种、眼虫目、Pyrus菌属、Sterkiella菌属、白色念珠菌、Pyrus_x_bretschneideri菌种相对丰度，所述相对丰度的单位为：%；

（2）定量测定保育猪鼻腔微生物相对丰度，将测得的结果带入对应的回归模型，计算获得保育猪短期内所处环境温湿指数。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述鼻腔微生物相对丰度指标采用IonS5TMXL测序平台的16S rDNA测序和18SrDNA测序获得。