[发明专利]一种基于单样本的肿瘤突变负荷检测方法和装置

权利要求书

1.一种基于单样本的肿瘤突变负荷检测装置，其特征在于，所述检测装置包括，

实验模块，使用人肿瘤多基因检测试剂盒对待测肿瘤样本进行核酸纯化、文库构建和探针捕获，获取捕获序列；

测序模块，应用Gene+Seq系列测序平台对所述捕获序列进行测序，获取待测肿瘤样本的测序数据；

比对模块，用于将所述测序数据与参考基因组进行比对，获取比对结果；

原始变异结果提取模块，用于对所述比对结果进行变异位点检测，获取原始变异结果；

第一过滤模块，用于过滤所述原始变异结果中与正常样本正常基线数据库重合的位点，获取第一体细胞突变数据集；

第二过滤模块，用于过滤所述第一体细胞突变数据集中人群数据库包含的高频率生殖突变位点，获取第二体细胞突变数据集；

第三过滤模块，用于筛选第二体细胞突变数据集中的克隆类型体细胞突变位点；

计算模块，用于计算肿瘤突变负荷TMB，TMB=s/n；所述n为编码区碱基百万数，s为克隆类型体细胞突变位点的数量。

2.根据权利要求1所述的基于单样本的肿瘤突变负荷检测装置，其特征在于，所述测序模块包括过滤及质控单元，用于过滤样本测序数据中的接头序列，并对过滤后数据的碱基质量大于20的百分比、碱基质量大于30的百分比、GC含量、N含量、平均读长长度和过滤后碱基占比进行筛选，选择符合设定阈值的数据。

3.根据权利要求1或2所述的基于单样本的肿瘤突变负荷检测装置，其特征在于，所述比对模块包括第一质控单元，用于对比对结果进行去重和排序处理，并对比对上的数据进行对比对率、捕获效率、污染率、目标区域平均测序深度进行筛选，选择符合设定阈值的数据。

4.根据权利要求1或2所述的基于单样本的肿瘤突变负荷检测装置，其特征在于，所述比对模块还包括第二质控单元，用于在所述比对上的数据进行筛选之前，将比对过程中发现的有潜在序列插入或者序列删除的区域进行重新比对，并对重新比对后的文件进行碱基质量值校正。

5.根据权利要求1或2所述的基于单样本的肿瘤突变负荷检测装置，其特征在于，所述第一过滤模块包括正常样本正常基线数据库构建单元；

所述第二过滤模块包括数据库注释单元，用于对所述第一体细胞突变数据集进行数据库注释，以过滤所述第一体细胞突变数据集中的高频率生殖突变位点；

所述第三过滤模块包括克隆类型体细胞突变位点筛选单元，用于对所述第二过滤模块获得的第二体细胞突变数据集的克隆和亚克隆判断、体细胞突变位点的最大似然值、先验概率、不可靠性及突变位点位置是否在目标捕获区域同时进行筛选，获得符合设定阈值的克隆类型体细胞突变位点。