[发明专利]一种鉴定达氏鲟基因组大小及倍性的方法

权利要求书

1.一种鉴定达氏鲟基因组大小及倍性的方法，其特征在于，包括以下步骤：

1）对达氏鲟肌肉样本进行总DNA提取；

2）将样品DNA随机打断成长度为350bp的片段，经末端修复、加A尾、加测序接头、纯化、PCR扩增完成整个文库制备；

3）将构建的文库进行PE测序，得到的原始数据过滤得到有效数据；

4）采用基于K-mer 的分析方法来估计基因组大小，基因组大小=K-mer number/depth；

其中，K-mer number表示采取Soapdenovo 软件得到的k-mer总数，depth表示k-mer深度；

5）通过以下公式计算杂合率；

其中，a_1/2为杂合K-mer种类数的百分比，n_kspecies为所有K-mer 的种类数，K为K-mer长度；

所述步骤4）中假设从reads中逐碱基取出的所有K-mer能够遍历整个基因组，且K-mer深度频率分布服从泊松分布，即能够从所有测序reads中统计K-mer频数分布，计算获得K-mer深度估计值，用于估计基因组大小。

2.根据权利要求1所述的一种鉴定达氏鲟基因组大小及倍性的方法，其特征在于，所述过滤具体包括以下步骤：

1）过滤掉含有接头序列的reads；

2）当单端测序read中含有的N碱基的含量超过该条read长度比例的10%时，去除此对paired reads；

3）当单端测序read中含有的低于5的低质量碱基数超过该条read长度比例的20%时，去除此对paired reads。