[发明专利]一种用于异构集群环境中的自由能微扰计算调度方法

权利要求书

1.一种用于异构集群环境中的自由能微扰计算调度方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤A:通过预先构造好的分子/蛋白质等结构和输入文件，先进行npt系综动力学模拟过程，获得平衡态的结构；

步骤B: 运行基于哈密顿量的副本交换动力学计算；每个副本的温度都是相同的，但是每个副本都对应一个标度因子即lambda,值在0-1之间，每个lambda都是用来影响副本的成键和非成键的相互作用，每个副本跑预先步数的分子动力学模拟，根据metropolis标准，相邻的每个副本构型可以进行交换，在相空间上取样并完成计算；

步骤C:完成之后解析轨迹文件，与各种prmtop 组合,生成新的amber计算输入，计算组合后的每个轨迹对应的单点能，来计算新的能量;

步骤D:使用正则表达式提取log文件中的能量数值，清理中间临时文件，带入到自由能定义的公式中得到自由能值。