[发明专利]PTPN22基因拷贝数变异检测试剂盒及检测方法

说明书

本发明涉及一种PTPN22基因拷贝数变异检测试剂盒及检测方法，该试剂盒包括用于检测PTPN22基因CNV区域的第一探针和第一引物对以及用于检测内参基因的第二探针和第二引物对。采用该试剂盒和ddPCR技术相配合可快速准确检测出PTPN22基因的拷贝数，为糖尿病的临床诊断和评估提供参考。

技术领域

本发明涉及基因检测领域，尤其涉及一种PTPN22基因拷贝数变异检测试剂盒及检测方法。

背景技术

随着生命科学和测序技术的不断发展，从单核苷酸突变到显微镜可见的染色体倒置，越来越多的基因组变异类型被鉴定出来。其中，一种亚显微水平(长度从kb到Mb)的基因结构变异即拷贝数变异(Copy number variation，CNV)受到研究者们的广泛关注，包括拷贝数减少、增加、复制和复合多位点的变异。

CNV涉及的基因片段较长，往往包含功能基因的编码区或调控区。因此，CNV不仅成为遗传多态性和进化表征的分子基础，而且在人类疾病的发生发展过程中发挥了至关重要的作用。

虽然CN102108408A公开了一种用于检测I型糖尿病易感性的试剂盒，该试剂盒包括同时检测PTPN22(蛋白酪氨酸磷酸酶非受体22)基因的rs2476601位点、CTLA-4的rs231775位点和VDR的rs22285570位点的引物对和特异性延伸探针，通过单核苷酸微阵列分型技术，将I型糖尿病易感人群筛选出来。然而，该试剂盒涉及3个基因的单核苷酸突变，其影响基因序列较小，在评价疾病易感性方面存在一定的局限性。而CNV变异是亚显微水平的基因结构变异，能够影响整个基因编码区或调控区，能够有效检测II型糖尿病的易感性。

此外，该专利文献公开的技术方案采用该检测I型糖尿病易感性的试剂盒检测时还需要纯化PCR扩增产物、引物延伸反应、杂交等步骤，操作繁琐。

发明内容

基于此，有必要提供一种PTPN22基因拷贝数变异检测试剂盒及检测方法，能够快速准确检测PTPN22基因拷贝数变异，为II型糖尿病的临床诊断和评价提供指导。

本发明解决上述技术问题的技术方案如下：

本发明提供一种PTPN22基因拷贝数变异检测试剂盒，包括用于检测PTPN22基因CNV区域的第一探针和第一引物对以及用于检测内参基因的第二探针和第二引物对；

所述第一探针的序列如SEQ ID NO.1所示，且所述第一探针的5’端结合第一荧光基团，3’端结合第一荧光淬灭基团；

所述第一引物对的序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示；

所述内参基因为AP3B1基因，所述第二探针的序列如SEQ ID NO.4所示，且所述第二探针的5’端结合第二荧光基团、3’端结合第二荧光淬灭基团；

所述第二引物对的序列如SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示。

在其中一个实施例中，所述第一荧光基团为FAM，第一荧光淬灭基团为MGB。

在其中一个实施例中，所述第二荧光基团为HEX，第二荧光淬灭基团为TRMRA。

在其中一个实施例中，所述的PTPN22基因拷贝数变异检测试剂盒还包括含DNA聚合酶的混合液。

在其中一个实施例中，所述第一引物对和所述第二引物对的浓度为10pmol/μL，所述第一探针和所述第二探针的浓度为4pmol/μL。

上述所述的PTPN22基因拷贝数变异检测试剂盒在采用ddPCR检测PTPN22基因拷贝数变异中的应用。

本发明还提供一种PTPN22基因拷贝数变异检测方法，包括如下步骤：

提取模板DNA；