[发明专利]一种分析识别淋巴管浸润的方法

权利要求书

1.一种分析识别淋巴管浸润的方法，其特征在于，包括：

获取预设数量的头颈部鳞状细胞癌患者的患病数据，分析所述患病数据的基因数据，得到基因中处于预设的标准基因范围内的差异表达基因；

基于所述差异表达基因的表达及所述患病数据中的临床特征数据，构建共表达模块网络；选取所述共表达模块网络中有显著预后差异的特征基因；

对所述特征基因进行蛋白表达分析得到所述特征基因的表达水平和回归系数，采用多变量Cox回归分析建立预后风险公式；根据所述预后风险公式得到风险临界值；

接收测试者的测试基因，根据所述预后风险公式计算所述测试基因的测试风险评分，在所述测试风险评分超过所述风险临界值时，判定所述测试者为淋巴管浸润高风险；

选取所述共表达模块网络中有显著预后差异的特征基因，为：

在所述共表达模块网络中，矩阵处于无标度拓扑准则的软阈值功率范围内时，将前一个相关矩阵转化为邻接矩阵，然后利用基于R语言TOM的相异性中的相似性函数将其转化为拓扑重叠矩阵，并计算其基因得到聚类树状图；

在所述聚类树状图中，以预设的最小模块大小和分类高度得到关键基因模块；选取所述关键基因模块中连接度大于预设连接度阈值的核心基因；

对所述核心基因进行单变量生存分析，选择预后差异处于预设的显著预后差异阈值范围内的特征基因；

对所述核心基因进行单变量生存分析，选择预后差异处于预设的显著预后差异阈值范围内的特征基因，为：

利用GEPIA数据库对所述核心基因进行mRNA表达分析，进一步筛选得到所述核心基因；

利用HPA数据库对头颈部鳞状细胞癌和正常组织中的所述核心基因进行蛋白表达分析，对上所述核心基因进一步蛋白表达验证；

根据所述mRNA表达和蛋白表达谱验证核心基因，采用Kaplan-Meier分析得到所述核心基因的预后差异；

选择预后差异处于预设的显著预后差异阈值范围内的特征基因。

2.根据权利要求1所述的分析识别淋巴管浸润的方法，其特征在于，分析所述患病数据的基因数据，得到基因中处于预设的标准基因范围内的差异表达基因，为：

分析所述病患数据的基因数据，计算病患基因的病患差异倍数和病患显著性；

将所述基因数据中病患差异倍数绝对值处于差异倍数阈值范围内，且病患显著性处于病患显著性阈值范围内的基因作为差异表达基因。

3.根据权利要求1所述的分析识别淋巴管浸润的方法，其特征在于，还包括：

选择所述关键基因模块中异常表达的基因进行GO功能分析和KEGG途径分析；

在功能检测具有统计学意义时，确认所述关键基因模块。

4.根据权利要求1所述的分析识别淋巴管浸润的方法，其特征在于，还包括：

采用Cox比例风险比和95%可信区间进行分析，在所述核心基因的预后差异具有统计学意义时，确认所述预后差异；

利用最小绝对收缩和选择LASSO模型，分析所述预后差异是否处于预设的显著预后差异阈值范围内。

5.根据权利要求1所述的分析识别淋巴管浸润的方法，其特征在于，在所述聚类树状图中，以预设的最小模块大小和分类高度得到关键基因模块；选取所述关键基因模块中连接度大于预设连接度阈值的核心基因，为：

在所述聚类树状图中，以预设的最小模块大小和分类高度进行分类；

以预设的检测准则策略对分类的所述基因模块进行分子复合物检测，得到核心基因模块；

选取所述核心基因模块中连接度大于预设连接度阈值的核心基因。

6.根据权利要求5所述的分析识别淋巴管浸润的方法，其特征在于，所述检测准则策略，为：分子复合物检测的度截止＝2，节点截止＝0.2，最大深度＝100，k值＝2。

7.根据权利要求1所述的分析识别淋巴管浸润的方法，其特征在于，还包括：

在DrugBank数据库中，映射所述共表达模块网络中的所述特征基因对应的模块；

以预设的连接性得分临界值，对以头颈部鳞状细胞癌淋巴管浸润为靶点的分子药物进行鉴定。

8.根据权利要求1-7中任意一项所述的分析识别淋巴管浸润的方法，其特征在于，根据所述预后风险公式得到风险临界值，为：

根据所述预后风险公式，计算所有的所述头颈部鳞状细胞癌患者的患者风险得分；

选取所述患者风险得分的中位数作为风险临界值。