[发明专利]一种与猪性成熟期性状相关的SNP分子标记

说明书

本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及一种与猪性成熟期性状相关SNP分子标记。通过整合NCBI数据库和欧洲生物信息研究所公开的58个品种的469头猪的重测序数据，对比猪参考基因组序列获得基因分型数据，筛选得到一种与猪性成熟期相关的分子标记，该标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第51位碱基处存在一个A/C的等位基因突变,当序列第51位核苷酸为C时，有利于猪拥有更长的性成熟期。

技术领域

本发明属于猪分子标记制备技术领域，具体涉及一种与猪性成熟期性状相关SNP分子标记。本发明的分子标记可用于猪性成熟期性状的辅助选择和预测。

背景技术

猪是家畜生产中重要的经济动物。家猪作为人类最早驯化的家养动物之一，起源于欧亚野猪(Sus scrofa)，随后欧亚野猪在欧洲和亚洲分别被独立驯化(Larson G,DobneyK,Albarella U,et al.Worldwide phylogeography of wild boar reveals multiplecenters of pig domestication[J].Science,2005,307(5715):1618-1621.)。由于这种独立驯化过程，欧洲猪种和亚洲猪种之间有着区别分明的种质特色，例如欧洲猪种拥有更高的瘦肉率和更大的体型，亚洲猪种则脂肪含量更高，并且拥有高产仔数和早熟的优点。

性成熟期是动物达到性成熟的一个过程，达到性成熟的动物可以进行有性生殖。有研究表明性成熟较早的母猪能够分娩更多的仔猪，有更长的繁殖期，(Patterson J L,Beltranena E,Foxcroft G R.The effect of gilt age at first estrus and breedingon third estrus on sow body weight changes and long-term reproductiveperformance[J].Journal of Animal Science,2010,88(7):2500-2513.)。在猪的生产过程中，猪的繁殖性能是重要的经济性状，延长母猪的繁殖寿命可以带来很大的经济效益。因此，探索发现性成熟期遗传机制的相关分子标记有助于更好的展开猪的育种研究。

全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)作为一种关联分析方法，在复杂性状的相关研究中具有比连锁分析效果更好，统计效力更高的优点，最初是1996年由Risch首次提出的(Risch N,Merikangas K.The future of genetic studies ofcomplex human diseases.[J].Science,1996,273(3):350-354.)作为在全基因组范围内探索鉴定实验群体中和目标表型相关联的遗传标记的有力工具，全基因组关联分析已经被广泛应用于各类研究，其中包括人类疾病以及家畜重要经济性状等等(Visscher P M,Brown M A,McCarthy M I,et al.Five years of GWAS discovery[J].The AmericanJournal of Human Genetics,2012,90(1):7-24.)

近年来关于猪性成熟期相关的全基因组关联分析研究，报道了相关基因与之相关。本发明通过整合NCBI数据库(SRA,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/)和欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI,https://www.ebi.ac.uk/)中公开的包含58个品种的469头猪的重测序数据，使用MVP软件，利用MLM模型(Zhang Z,Ersoz E,Lai C Q,et al.Mixed linearmodel approach adapted for genome-wide association studies[J].Naturegenetics,2010,42(4):355.)，筛选出与性成熟期相关的SNP分子标记，为猪性成熟期的辅助选择和性成熟期预测改良提供了新的分子标记，对于猪的辅助筛选具有重要意义。