[发明专利]使用凝聚核酸颗粒的装置制备

说明书

一种对核酸链进行测序的方法包括接收具有耦联到聚合物基质的核酸链的颗粒，将所述颗粒暴露于包括凝聚剂的溶液，以及将所述颗粒施加到表面，所述颗粒沉积在所述表面上。

本申请是中国发明专利申请(申请日：2014年9月12日；申请号：201480057632.X(国际申请号：PCT/US2014/055485)；发明名称：使用凝聚核酸颗粒的装置制备)的分案申请。

相关申请交叉参考

本申请要求于2013年9月13日提交的美国临时申请第61/877,745号的权益，所述申请以全文引用的方式并入本文中。

本申请要求于2014年7月2日提交的美国临时申请第62/020,292号的权益，所述申请以全文引用的方式并入本文中。

技术领域

本公开总体涉及用于制备适用于核酸测序的装置的系统和方法，具体地涉及用于制备利用含核酸的颗粒的此类装置的系统和方法。

背景技术

核酸链(尤其DNA)的测序在包括医学、农业和生物研究的先进领域中已变得愈来愈重要。然而，常规的用于对核酸链进行测序的凝胶技术已证实耗时且昂贵。最新的研发依赖于含核酸的样品沉积在衬底上。依据测序技术，可通过测量对核酸添加的离子响应或通过测量由核酸添加引起的萤光发射来确定核酸样品的序列。

然而，依赖于核酸样本沉积在衬底上的此类技术具有由一些核酸链结合到衬底表面的失败造成的缺陷或由链非常接近于彼此地结合造成的缺陷。此类缺陷可导致衬底的未充分利用、不精确的数据、损失或不完全的样品或其他不准确性。

因而，改进的用于制备测序装置的系统和方法将是合乎需要的。

附图说明

通过参考附图，可更好地理解本发明，并且使本领域的技术人员清楚其众多特征和优势。

图1包括用于沉积核酸样品的示例性方法的图解。

图2包括用于制备核酸颗粒和制备用于测序的装置的示例性装置的图示。

图3包括在暴露于六氨合钴期间珠粒或颗粒的图像。

图4、图5、图6、图7和图8包括珠粒或颗粒对暴露于六氨合钴的尺寸响应的图表图解。

图9包括在暴露于或不暴露于六氨合钴两者的情况下，核酸结合珠粒或颗粒的离解动力学的曲线图解。

图10和图11包括凝聚剂对珠粒尺寸影响的曲线图解。

在不同附图中使用相同参考符号指示相似或相同的物件。

具体实施方式

在一个实施例中，方法包括制备核酸珠粒或颗粒、凝聚核酸珠粒以及将凝聚的核酸珠粒沉积在传感器衬底上。在另一个实例中，该方法包括将核酸珠粒沉积在传感器衬底上以及凝聚沉积的核酸珠粒。核酸珠粒或颗粒包括结合到一个或多个核酸链的珠粒。凝聚核酸珠粒可包括凝聚结合到珠粒的核酸、收缩珠粒的聚合物，或其组合，有效地减小核酸珠粒的尺寸。沉积之后，可洗涤凝聚的核酸珠粒，这可展开凝聚的核酸珠粒。随后，带有沉积的核酸珠粒的传感器衬底可用于核酸试验，如测序，例如合成测序。凝聚核酸珠粒或颗粒可包括将核酸珠粒或颗粒暴露于凝聚剂。凝聚试剂可凝聚核酸珠粒或颗粒的方面，例如凝聚核酸、颗粒的聚合物基质或其组合。在一个实例中，凝聚剂包括具有3⁺电荷的金属络合物。举例来说，金属络合物可为钴络合物，如钴-胺络合物。在另一实例中，凝聚剂包括的碱金属盐或碱土金属盐，如镁盐。在另一个实例中，凝聚试剂包括非离子聚合物试剂，如聚乙二醇类试剂。