[发明专利]遗传编码的噬菌体展示的环状肽文库及其制备方法

权利要求书

1.一种选择结合所需靶标的环状肽的方法，所述方法包括：

(a)将含有多种核酸的噬菌体展示文库转化进细菌宿主细胞，

其中所述核酸包括含有组合区域的噬菌体衣壳蛋白基因，

其中所述组合区域编码至少一个半胱氨酸和至少一个非经典氨基酸，

其中所述细菌宿主细胞从所述核酸生产噬菌体颗粒，

其中所述噬菌体颗粒包括在组合区域内有至少一个半胱氨酸和至少一个非经典氨基酸的噬菌体衣壳蛋白，和

其中所述至少一个半胱氨酸和所述至少一个非经典氨基酸相互偶联以形成环状肽；

(b)针对所述所需靶标筛选所述噬菌体颗粒，

其中所述筛选的结果是选择具有与所述所需靶标结合的环状肽的噬菌体颗粒；和

(c)鉴定选择的噬菌体颗粒的所述环状肽的氨基酸序列。

2.如权利要求1所述的方法，其中通过针对所述所需靶标的亲和性选择来进行筛选。

3.如权利要求1所述的方法，其中进行所述筛选通过以下方式进行：

(a)将所述噬菌体颗粒与所述所需靶标孵育，

其中所述所需靶标是固定在表面上的；

(b)将未结合的噬菌体颗粒与结合到所述所需靶标的噬菌体颗粒分开；和

(c)分离所述结合的噬菌体颗粒。

4.如权利要求1所述的方法，其中，所述筛选进一步包括：

(a)将所述选择的噬菌体颗粒转化进所述细菌宿主细胞，以允许用于生产其他噬菌体颗粒；和

(b)根据权利要求1的步骤(b)，再筛选所述噬菌体颗粒。

5.如权利要求4所述的方法，其中，该进一步筛选重复多次。

6.如权利要求1所述的方法，其中通过测序所选择的噬菌体颗粒的组合区域来进行鉴定。

7.如权利要求1所述的方法，其中所述鉴定包括：

(a)纯化所选择的噬菌体颗粒；

(b)将所述核酸与所选择的噬菌体颗粒分离；和

(c)测序所述核酸的所述组合区域。

8.如权利要求1所述的方法，其中所需靶标选自下组：肽、蛋白质、酶、小分子、细胞受体、抗原、所需靶标的配体结合位点、所需靶标的活性位点、蛋白质的活性位点、蛋白质的变构位点、DNA、RNA，及其组合。

9.如权利要求1所述的方法，其中所述所需靶标是酶。

10.如权利要求9所述的方法，其中所述环状肽抑制所述酶的活性。

11.如权利要求10所述的方法，其中，所述酶选自下组：蛋白酶、组蛋白去乙酰化酶、TEV蛋白酶、HDAC8及其组合。

12.如权利要求1所述的方法，其中所述核酸是噬菌粒形式。

13.如权利要求1所述的方法，其中所述核酸封装在噬菌体中。

14.如权利要求1所述的方法，其中所述细菌宿主细胞能翻译所述噬菌体衣壳蛋白基因的组合区域，使得所述至少一个半胱氨酸和所述至少一个非经典氨基酸被翻译。

15.如权利要求1所述的方法，其中用不表达所述噬菌体衣壳蛋白基因的敲除辅助噬菌体共感染所述细菌宿主细胞。

16.如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个非经典氨基酸由选自下组的密码子编码：框内琥珀密码子、框内赭石密码子、框内蛋白石密码子、稀有密码子和四碱基密码子。

17.如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个非经典氨基酸由框内琥珀密码子编码，且其中所述细菌宿主细胞是琥珀抑制性细菌宿主菌株。