[发明专利]用于循环细胞分析的方法

权利要求书

1.一种确定被怀疑是胎儿来源的循环细胞的来源的方法，所述方法包括：

a)由从被怀疑是得自子代细胞系或怀有胎儿的母亲的血液样品的胎儿来源的一个或多个循环细胞分离的细胞DNA产生第一组扩增子，以及由得自子代和母亲的DNA的混合物或所述血液样品的血浆级分的无细胞DNA产生第二组扩增子，其中所述第一组扩增子和所述第二组扩增子通过进行多个单核苷酸多态性(SNP)基因座的多重扩增反应而获得；

b)通过下一代测序对所述第一组扩增子和所述第二组扩增子进行测序；以及

c)根据所述第一组扩增子的序列确定所述一个或多个循环细胞的来源，其中所述第二组扩增子的所述序列被用作参考。

2.如权利要求1所述的方法，还包括由从获自所述血液样品的血沉棕黄层级分的一个或多个母亲细胞分离的母亲细胞DNA产生第三组扩增子，以及通过下一代测序对所述第三组扩增子进行基因分型以确定母亲基因型。

3.如权利要求2所述的方法，还包括从所述血液样品获得被怀疑是胎儿来源的所述循环细胞、包含所述无细胞DNA的所述血浆级分和包含所述母亲细胞的所述血沉棕黄层级分。

4.如权利要求1所述的方法，其中步骤(c)包括计算得自子代和母亲的DNA的混合物或所述血浆级分的所述无细胞DNA与得自被怀疑是胎儿来源的所述循环细胞的所述细胞DNA之间的母亲一致性和胎儿一致性，以及计算胎儿混合分数。

5.如权利要求1所述的方法，其中所述第一组扩增子和所述第二组扩增子通过进行至少1,000个SNP基因座的多重扩增反应而获得。

6.如权利要求1所述的方法，还包括通过测量所述SNP基因座的量来估算母亲和胎儿细胞的混合物的所述胎儿分数。

7.如权利要求6所述的方法，其中所述方法还包括确定所述SNP处的等位基因比率。

8.如权利要求7所述的方法，其中估算所述胎儿分数使用所述等位基因比率。

9.如权利要求1所述的方法，其中所述方法包括将多个循环细胞或细胞系分成单独的反应体积，分离每个反应体积中的细胞DNA，以及将样品条形码粘贴至每个反应体积中的分离的细胞DNA上。

10.如权利要求1所述的方法，其中所述细胞DNA从被怀疑是胎儿细胞的单个循环细胞分离。

11.如权利要求1所述的方法，其中所述方法还包括使用被确定为一个或多个胎儿细胞的一个或多个循环细胞的基因型来进行非侵入性产前测试。

12.如权利要求11所述的方法，其中所述方法还包括检测被确定为一个或多个胎儿细胞的所述一个或多个循环细胞中的靶标染色体或所关注的染色体片段的拷贝数变化或非整倍体。

13.如权利要求12所述的方法，其中所述靶标染色体或所关注的染色体片段是染色体13、18、21、性染色体和/或它们的染色体片段。

14.如权利要求11所述的方法，其中所述方法还包括检测被确定为一个或多个纯胎儿细胞的所述一个或多个循环细胞中的微缺失。

15.如权利要求14所述的方法，其中所述微缺失是与迪格奥尔格综合征相关的22q11.2缺失、与普拉德-威利综合征相关的微缺失、与安格曼综合征相关的微缺失、1p36缺失和/或与猫叫综合征相关的微缺失。