[发明专利]用于结合亲和力预测的方法和系统以及生成候选蛋白-结合肽的方法

权利要求书

1.预测查询结合剂分子与查询靶分子结合亲和力的计算机实施的方法，所述查询结合剂分子具有第一氨基酸序列，并且所述查询靶分子具有第二氨基酸序列，所述方法包括：

用至少一个处理器，访问包含各自的成对参考结合剂序列和参考靶序列的参考结合剂-靶标对的参考数据存储，每个参考结合剂-靶标对具有相关联的已知结合值；

用所述至少一个处理器，生成所述第一氨基酸序列的表示，所述表示作为共同跨越所述第一氨基酸序列的一个或多个查询结合剂子序列的集合，每个查询结合剂子序列在沿着所述第一氨基酸序列的各自位置处包含一个或多个氨基酸残基；

对于查询结合剂子序列集中的每个查询结合剂子序列，确定所述第二氨基酸序列中的接触氨基酸残基的接触位置，并从所述接触氨基酸残基中组装相应的查询靶子序列，从而生成查询结合剂-靶子序列对；

用所述至少一个处理器，从所述参考结合剂-靶标对生成包括多个参考结合剂-靶子序列对的参考数据集，每个参考结合剂-靶子序列对包含：参考结合剂子序列和参考靶子序列，所述参考结合剂子序列包含在对应于各自查询结合剂子序列的那些位置的位置处的各自参考结合剂序列的氨基酸残基，所述参考靶子序列包含在所述接触位置处的各自参考靶序列的氨基酸残基；其中每个参考结合剂-靶子序列对被分配基于从中产生参考结合剂-靶标对的已知结合值的参考结合值；

用所述至少一个处理器，对所述各自的查询结合剂-靶子序列对和所述参考结合剂-靶子序列对进行至少一次相似性运算，以为每个查询结合剂-靶子序列对生成多个相似性得分；和

用所述至少一个处理器，计算所述查询结合剂分子与所述查询靶分子的结合亲和力，作为所述参考结合剂-靶子序列对的所述参考结合值的加权组合，其中所述加权组合的权重基于相似性得分。

2.根据权利要求1所述的计算机实施的方法，其中至少一个查询结合剂子序列包含至少两个氨基酸残基。

3.根据权利要求1或2所述的计算机实施的方法，其中，所述相似性运算通过生成用于在查询结合剂子序列与参考结合剂子序列之间进行比较的第一相似性得分，以及用于在查询靶子序列与参考靶子序列之间进行比较的第二相似性得分，并且将所述第一相似性得分和所述第二相似性得分组合，来生成各自的相似性得分。

4.根据权利要求3所述的计算机实施的方法，其中，在准确匹配的情况下，所述第一相似性得分被赋予非零值，否则被赋予零值，和/或，其中在准确匹配的情况下，所述第二相似性得分被赋予非零值，否则被赋予零值。

5.根据权利要求1至3中任一项所述的计算机实施的方法，其中所述相似性运算包括查询结合剂子序列与参考结合剂子序列之间的序列比对，和/或查询靶子序列与参考靶子序列之间的序列比对。

6.根据权利要求1至3或5中任一项所述的计算机实施的方法，其中，所述相似性运算包括：生成包括第一节点集和第二节点集的二分图，所述第一节点集仅包含结合剂子序列，并且所述第二节点集仅包含靶子序列，所述二分图的边缘权重等于所述相关联的已知结合剂值；和为所述第一节点集和/或所述第二节点集确定所述二分图的单分投影，其中所述相似性得分为所述单分投影的边缘权重。

7.根据权利要求6所述的计算机实施的方法，其中，通过确定第一集合的节点对的两个节点都与之连接的第二集合的公共节点集合以及计算所述二分图的对应边缘权重之间的线性相关性，来计算所述第一集合的节点对的相似性得分。

8.根据权利要求6或7所述的计算机实施的方法，其中，通过确定所述第二集合的节点对的两个节点都与之连接的所述第一集合的公共节点集合以及计算所述二分图的对应边缘权重之间的线性相关性，来计算所述第二集合的节点对的相似性得分。

9.根据前述权利要求中任一项所述的计算机实施的方法，其中接触氨基酸残基的位置根据接触点图来确定。