[发明专利]核酸的条形编码

权利要求书

1.一种产生用于利用固体基质上的克隆扩增来测序的核酸的方法，所述方法包括：

(a)提供用于测序的核酸样本；

(b)采用包含简并核苷酸序列和5’固定的核苷酸序列的扩增引物扩增所述核酸样本，以产生扩增的核酸；以及

(c)使用包含(i)所述5’固定的核苷酸序列和第一接头核苷酸序列的第一引物和包含(ii)所述5’固定的核苷酸序列和第二接头核苷酸序列的第二引物进一步扩增所述扩增的核酸，

其中所述第一接头核苷酸序列或所述第二接头核苷酸序列提供用于随后从附接到所述固体基质的核苷酸序列引发DNA合成的序列，其他接头核苷酸序列提供用于随后从随后引发产生的模板引发DNA合成的序列，并且其中所述第一引物、所述第二引物和所述扩增引物中的一个或更多个包含特异性标识符序列以识别用所述第一引物、所述第二引物和/或所述扩增引物扩增的核酸；

从而产生用于利用所述固体基质上的克隆扩增来测序的核酸。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述简并寡核苷酸序列是完全简并核苷酸序列。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述扩增引物包含3至16个核苷酸的简并核苷酸序列。

4.根据权利要求1至3中任意一项所述的方法，其中所述扩增引物包含由6个核苷酸组成的简并核苷酸序列。

5.根据权利要求1至4中任意一项所述的方法，其中所述扩增引物在所述简并核苷酸序列3’包含固定的核苷酸序列。

6.根据权利要求5所述的方法，其中在所述简并核苷酸序列3’的所述固定的核苷酸序列包含3至10个核苷酸。

7.根据权利要求5或6所述的方法，其中在所述简并核苷酸序列3’的所述固定的核苷酸序列由6个核苷酸的核苷酸序列组成。

8.根据权利要求7所述的方法，其中在所述简并核苷酸序列3’的所述固定的核苷酸序列由核苷酸序列5’-ATGTGG-、5’-ATCTCA-3’或TGAGAT组成。

9.根据权利要求1至8中任意一项所述的方法，其中所述5’固定的核苷酸序列包含6至40个核苷酸的核苷酸序列。

10.根据权利要求1至9中任意一项所述的方法，其中所述5’固定的核苷酸序列由10个核苷酸的核苷酸序列组成。

11.根据权利要求1至10中任意一项所述的方法，其中所述5’固定的核苷酸序列由核苷酸序列5’-CCAGCCTTGC-3’(SEQ ID NO:2)、5’-CCGACTCGAG-3’(SEQ ID NO:23)、5’-GATGCTCGAG-3’(SEQ ID NO:24)、5’-GATGCCTTGC-3’(SEQ ID NO:25)、5’-GCTCTTCCGATCT-3’(SEQ ID NO:26)、5’-GCTCTTCCGATCTACTCGAG-3’(SEQ ID NO:27)、5’-GCTCTTCCGATCTGAG-3’(SEQ ID NO:18)、5’-AGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3’(SEQ ID NO:28)或5’-CAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3’(SEQ ID NO:29)组成。

12.根据权利要求1至11中任意一项所述的方法，其中所述第一接头核苷酸序列包括核苷酸序列5’-CCGCTTTCCTCTCTATGGGCAGTCGGTGAT-3’(SEQ ID NO:11)或5’-CCTCTCTATGGGCAGTCGGTGAT-3’(SEQ ID NO:47)。

13.根据权利要求1至12中任意一项所述的方法，其中所述第二接头核苷酸序列包括核苷酸序列5’-CCATCTCATCCCTGCGTGTCTCCGACTCAG-3’(SEQ ID NO:14)。