[发明专利]条形码化肽-MHC复合物及其用途

说明书

在某些实施方案中，本公开文本提供了将以下项组合的方法：(i)用DNA条形码化肽‑主要组织相容性复合物(pMHC)进行筛选以检测对这些肽具有特异性的T淋巴细胞，和(ii)对在所述筛选中鉴定的T淋巴细胞进行单细胞测序以分析所述T淋巴细胞的转录组。

相关申请的交叉引用

本申请要求2018年9月24日提交的美国临时申请号62/735,803的权益，将所述临时申请通过引用以其整体并入本文。

技术领域

本发明涉及T细胞表位组作图和转录组分析。

背景技术

T细胞在对抗病毒感染和肿瘤中起着至关重要的作用。T细胞通过T细胞受体(TCR)与肽主要组织相容性复合物(pMHC)之间的相互作用被激活。TCR与pMHC之间的相互作用可诱导增殖、效应物表型的发展(包括细胞因子释放)。因此，鉴定由单独T细胞识别的肽(抗原)和表征肽特异性T细胞对于理解和治疗免疫相关疾病至关重要。

目前，基于质谱流式细胞技术(Newell等人(2013)Nature Biotechnology,623-629)、基于荧光(Altman(1996)Science,94-96)或基于双链DNA条形码的方法(Bentzen等人(2016)Nature Biotechnology,1037-1045)限于通过抗原特异性T细胞的有限的基于流的表征来鉴定由单独T细胞识别的抗原。类似地，DNA条形码抗体标记策略(Stoeckius等人(2017)Nature Methods,865-868；Peterson等人(2017)Nature Biotechnology,936-939)限于同时测量基因表达和细胞表面表位表达。

发明内容

本公开文本提供了在包含T细胞的样品中以单细胞分辨率同时进行T细胞表位作图和/或转录组表征的方法，所述方法包括：(a)用独特的条形码标记每个独特的肽-主要组织相容性复合物(pMHC)，从而产生条形码化pMHC构建体群体；(b)使所述包含T细胞的样品与所述条形码化pMHC构建体群体接触，其中T细胞上的至少一种T细胞受体与所述条形码化pMHC构建体(“T细胞受体表位”)中的至少一种结合；并且(c)使用单细胞测序对所述T细胞进行测序，其中所述单细胞测序同时鉴定每个T细胞中的T细胞受体表位和转录组基因。

本公开文本还提供了在从样品获得的单个T细胞中同时进行T细胞表位作图和/或转录组表征的方法，所述方法包括：(a)用独特的条形码标记每个独特的肽-主要组织相容性复合物(pMHC)，从而产生条形码化pMHC构建体群体；(b)使T细胞与所述条形码化pMHC构建体群体接触，其中所述T细胞上的T细胞受体与所述条形码化pMHC构建体(“T细胞受体表位”)中的至少一种结合；并且(c)使用单细胞测序对所述T细胞进行测序，其中所述单细胞测序同时鉴定所述T细胞中的T细胞受体表位和转录组基因。

在一些方面，所述单细胞测序是基于液滴的单细胞测序。在一些方面，所述测序的每个液滴包含(i)由(b)中的至少一种条形码化pMHC构建体标记的T细胞；以及(ii)包含用于转录组测量的引物的引物珠。

在一些方面，每个条形码是单链核酸。在一些方面，所述单链核酸就是DNA。在一些方面，每个条形码包含独特的样品标识序列。在一些方面，基于汉明码设计所述样品标识序列。在一些方面，所述样品标识区的长度为至少10bp、至少11bp、至少12bp、至少13bp、至少14bp、至少15bp、至少16bp、至少17bp、至少18bp、至少19bp、至少20bp、至少21bp、至少22bp、至少23bp、至少24bp、至少25bp、至少26bp、至少27bp、至少28bp、至少29bp或至少30bp。在一些方面，所述样品标识区在10bp与30bp之间、11bp与29bp之间、12bp与28bp之间、13与27bp之间、14bp与26bp之间、15bp与25bp之间、16bp与24bp之间、17bp与23bp之间、或18bp与22bp之间。