[发明专利]核酸重排和整合分析

权利要求书

1.一种分析生物体的生物样品以确定病理学的分类的方法，所述方法包括：

(a)分析来自所述生物样品的多种无细胞核酸分子以识别生物体-病原体嵌合核酸片段，其中分析所述多种无细胞核酸分子中的每一种包括：

将各个所述无细胞核酸分子的第一末端识别为来自第一基因组，

将各个所述无细胞核酸分子的第二末端识别为来自第二基因组，且

当所述第一基因组是病原体的基因组并且所述第二基因组是所述生物体的基因组时识别所述生物体-病原体嵌合核酸片段，其中所述生物体和所述病原体是不同的；和

(b)至少部分地基于所述生物体-病原体嵌合核酸片段而确定病理学的分类。

2.根据权利要求1所述的方法，其中将所述第一末端识别为来自所述第一基因组包括获得各个所述无细胞核酸分子的读取序列，以及将所述读取序列的第一末端的至少一部分与所述病原体的参考基因组比对上。

3.根据权利要求1所述的方法，其中将所述第二末端识别为来自所述第二基因组包括获得各个所述无细胞核酸分子的读取序列，以及将所述读取序列的第二末端的至少一部分与所述生物体的参考基因组比对上。

4.根据权利要求1所述的方法，其中分析所述多种无细胞核酸分子中的每一种包括获得各个所述无细胞核酸分子的读取序列，以及当所述读取序列的第一末端的至少一部分与病原体的参考基因组比对上并且所述读取序列的第二末端的至少一部分与所述生物体的参考基因组比对上时识别所述生物体-病原体嵌合核酸片段。

5.根据权利要求1所述的方法，进一步包括通过双端测序来获得所述多种无细胞核酸分子的读取序列，其中所述双端测序针对所述多种无细胞核酸分子中的每一种产生一对读取序列。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述一对读取序列包括各个所述无细胞核酸分子的第一末端的第一读取序列和各个所述无细胞核酸分子的第二末端的第二读取序列。

7.根据权利要求6所述的方法，其中识别所述生物体-病原体嵌合核酸片段包括将所述第一读取序列或其部分与病原体的参考基因组比对上，以及将所述第二读取序列或其部分与所述生物体的参考基因组比对上。

8.根据权利要求7所述的方法，其中识别所述生物体-病原体嵌合核酸片段包括将所述第一读取序列的至少20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100个连续核苷酸与所述病原体的所述参考基因组比对上，以及将所述第二读取序列的至少20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100个连续核苷酸与所述生物体的所述参考基因组比对上。

9.根据权利要求8所述的方法，其中识别所述生物体-病原体嵌合核酸片段包括将所述第一读取序列的至少50个连续核苷酸与所述病原体的所述参考基因组比对上，以及将所述第二读取序列的至少50个连续核苷酸与所述生物体的所述参考基因组比对上。

10.根据权利要求1至9中的任一项所述的方法，进一步包括:

基于来自所述生物样品的生物体-病原体嵌合核酸片段的量而确定病原体整合指数；和

至少部分地基于所述病原体整合指数而确定所述病理学的分类。

11.根据权利要求10所述的方法，其中确定所述病原体整合指数包括确定包括来自所述病原体的所述基因组的第一末端和来自所述病原体的所述基因组的第二末端的所述多种无细胞核酸分子的量。

12.根据权利要求11所述的方法，其中确定所述病原体整合指数包括将所述生物体-病原体嵌合核酸片段的所述量与包括来自所述病原体的所述基因组的第一末端和来自所述病原体的所述基因组的第二末端的所述多种无细胞核酸分子的量比较。