[发明专利]用于在系谱内进行系谱富集和基于家族的分析的方法和系统

权利要求书

1.一种用于识别致病变异的系统，所述系统包括：

数据处理器和与所述数据处理器耦合的存储器，所述处理器被配置为：

基于同期群的测序数据生成个体的一级网络；

识别所述一级网络中的个体是患病者还是未患病者，其中具有至少一种二元性状、极端数量性状或它们的组合的所述个体被识别为患病者，并且不具有所述至少一种二元性状或所述极端数量性状的所述个体被识别为未患病者；以及

生成至少一个包含包括指定为患病者还是未患病者的个体的富集系谱。

2.如权利要求1所述的系统，其中所述处理器还被配置为执行隔离分析，以识别在所述至少一个富集系谱之内和之间共隔离的变异性状对。

3.如权利要求1所述的系统，其中所述处理器还被配置为执行隔离分析来分析所述变异性状对以确定所述致病变异。

4.如权利要求1所述的系统，其中所述测序数据可选自由外显子组测序数据或全基因组测序数据或基因型阵列数据组成的组。

5.如权利要求1所述的系统，其中所述处理器还被配置为：如果所述同期群中的所述至少一种二元性状的流行率超过5％，则将所述识别的患病者识别为未患病者。

6.如权利要求1所述的系统，其中所述处理器还被配置为：如果所述个体的所述至少一种极端数量性状相比于所述同期群的平均极端数量性状小两个标准偏差，则将所述识别的患病者识别为未患病者。

7.如权利要求1至6中任一项所述的系统，其中由所述系统生成的所述富集系谱具有单一可能结构。

8.如权利要求1至7中任一项所述的系统，其中由所述系统生成的所述富集系谱包括三个或更多个具有共同祖先的患病者。

9.如权利要求1至8中任一项所述的系统，其中由所述系统生成的所述富集系谱包括亲本被确定是未患病者的一个或多个患病者。

10.如权利要求1至9中任一项所述的系统，其中所述处理器还被配置为对所述至少一个系谱进行优先级排序以执行所述隔离分析。

11.如权利要求10所述的系统，其中对所述至少一个系谱进行优先级排序包括选择包括至少一个有关的未患病者的所述至少一个系谱。

12.如权利要求10所述的系统，其中对所述至少一个系谱进行优先级排序包括选择包括至少两个患病同胞的所述至少一个系谱。

13.如权利要求10所述的系统，其中所述隔离分析形成显性遗传隔离模型。

14.如权利要求10所述的方法，其中所述隔离分析形成了隐性遗传隔离模型。

15.如权利要求3所述的方法，其中使用基于家族的关联分析来进行分析所述变异性状对以确定所述致病变异。

16.一种识别致病变异的方法，所述方法包括：

基于同期群的测序数据生成个体的一级网络；

识别所述一级网络中的个体是患病者还是未患病者，其中受至少一种二元性状、极端数量性状或它们的组合影响的所述个体被识别为患病者，并且不受所述至少一种二元性状或所述极端数量性状影响的所述个体被识别为未患病者；

创建至少一个包含包括指定为患病者或未患病者的个体的富集系谱；

执行隔离分析，以识别在所述至少一个富集系谱之内和之间共隔离的变异性状对；以及

分析所述变异性状对，以识别所述致病变异。

17.如权利要求16所述的方法，其中所述测序数据可选自外显子组测序数据、全基因组测序数据和基因型阵列数据。