[发明专利]提取感兴趣的生物样品区域和分子的装置和盒

说明书

公开的发明提供了用于分子测试的盒、方法和盒处理系统，该系统包括从组织中提取一种或多种生物材料。该盒包括基座，该基座具有在基座内部的容器，放置在该容器上方的盖以及在基座中的垫圈。基座包括放置在容器下方的透明窗，并且容器包含载玻片，在载玻片上布置有组织。膜设置在盖的内表面上，并且该膜适合于从组织中提取一种或多种生物材料。垫圈围绕载玻片，并且盖在封闭载玻片的垫圈周围形成密封腔，并且通过基座的端口施加真空抽吸以将膜压在载玻片上的组织上。

相关申请的交叉引用

本申请要求2018年8月7日提交的题为“用于提取感兴趣的生物样品区域和分子的装置和盒”的美国临时申请序列号62/715,541的优先权，其全部内容通过引用并入本文。

技术领域

本公开涉及从生物样品中提取感兴趣的区域和分子的方法，特别是通过使用利用专门设计的生物盒的自动化方法。

背景技术

已经使用多种技术从获得自医学或科学研究的患者或受试者的生物样品中提取特定的生物靶标。传统上，这样的技术通常需要使用剃刀、针头或其他操纵装置对组织进行困难的(和粗略的)手动解剖，以获取根据其可见的组织学特征识别的单个细胞的数量。

有效诊断患者并对其进行治疗的关键新挑战是将蛋白质、核苷酸、药物和其他诊断和/或分子筛选应用于来自患者样品的足够量的纯化生物材料。例如，为了从遗传学上筛查癌症患者的癌症类型或有效的抗癌药物或疗法，从业者必须拥有足够的癌细胞，以便他或她可以对这些细胞进行遗传或药物筛查而不会被来自周围非癌性细胞的物质混淆。在患者样品中，只有一小部分组织和细胞可能癌变，而那些细胞可能在组织或生物样品中占据复杂的形状。为了从癌细胞而不是从周围的非癌细胞中收集足够的遗传物质，并且为了具有良好的信噪比(癌细胞中的遗传物质比非癌细胞中的遗传物质更多)，从患者样品中纯化疾病物质是有利的，并且纯化必须与随后的患者分析、诊断、随访和治疗相结合。

美国专利申请第14/341,523号公开了用于将生物样品区域和物质的提取和纯化与患者分析、诊断、随访和治疗相结合的方法、装置和系统。本发明提供了一种将公开的基底、盒和一种或多种盒处理仪器插入标准诊所或病理实验室工作流程的手段。具体地，本发明公开了用于将标准病理载玻片手动地，半自动地，自动地或通过机器人装置插入所公开的盒和盒处理仪器中的方法、装置和系统。美国专利申请第14/341,523号中公开的方法、装置和系统被并入本文。

美国专利号8,597,715公开了一种从生物样品中去除靶标的方法，该方法包括使转移表面与生物样品接触，然后聚焦改变转移表面以允许从生物样品中选择性分离靶标。靶标是组织切片的细胞或细胞成分，并且转移表面是可以聚焦改变以将靶粘附到转移表面的膜。膜从组织部分的随后分离选择性地从组织部分去除粘附的靶标。转移表面被靶标局部改变(例如，通过染料或标记物的抗体结合的光诱导加热)，然后激活该改变以将靶标粘附到转移表面上。可以通过将生物样品暴露于特异性结合靶标(或靶标组分)的免疫试剂来实现这种原位改变。免疫试剂可以直接(例如用免疫试剂携带的生热酶)改变转移表面，或间接(例如通过吸收来自光学照明的热量并将该热量集中转移到靶标上)改变转移表面。活化可以例如通过照射或加热靶标以将其粘附到热塑性转移表面上而发生。免疫试剂可以在靶标中存放沉淀物，该沉淀物相对于周围组织增加其光吸收，从而可以使生物样品暴露于光以选择性地加热靶标。备选地，免疫试剂是携带吸收光并发射热量的荧光团的免疫荧光剂。美国专利第8,597,715号及其相关专利，美国专利第7,695,752号和美国专利第7,709,047号中公开的方法和基底均结合在本文中。

下面，我们公开了将生物样品区域和材料的提取和纯化与患者分析、诊断、随访和治疗相结合的方法、装置和系统。

发明内容