[发明专利]用于从头蛋白质测序的方法

权利要求书

1.一种确定感兴趣的多肽的氨基酸序列的方法，所述方法包括：

在允许切割碱性氨基酸后的肽键的第一蛋白酶消化所述感兴趣的多肽以产生第一组消化的肽片段的条件下，使含有所述感兴趣的多肽的第一样品与所述第一蛋白酶接触；

对所述第一组消化的肽片段进行片段化以产生与所述第一组消化的肽片段中的肽相对应的第一组片段化的肽离子；

确定所述第一组片段化的肽离子的质量；

在允许切割碱性氨基酸之前的肽键的第二蛋白酶消化所述感兴趣的多肽以产生第二组消化的肽片段的条件下，使含有所述感兴趣的多肽的第二样品与所述第二蛋白酶接触；

对所述第二组消化的肽片段进行片段化以产生与所述第二组消化的肽片段中的肽相对应的第二组片段化的肽离子；

确定所述第二组片段化的肽离子的质量；

从所述第一组片段化的肽离子和所述第二组片段化的肽离子中选择质量相差精氨酸氨基酸残基的质量或赖氨酸氨基酸残基的质量的肽离子对；

为所述肽离子对分配离子类型，以生成相同类型的肽离子的列表；

选择具有递增了一个或多个氨基酸残基的质量的递增质量的肽离子质量梯以鉴定单独氨基酸残基，并装配鉴定出的氨基酸残基以确定所述感兴趣的多肽的氨基酸序列。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述第一蛋白酶是胰蛋白酶。

3.如权利要求1或2所述的方法，其中所述第二蛋白酶是Tryp-N蛋白酶。

4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，所述方法还包括：

从所述第一组消化的肽片段中选择第一消化的肽片段；以及从所述第二组消化的肽片段中选择第二消化的肽片段，所述第二消化的肽片段具有与所述第一消化的肽片段相同的质量。

5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，所述方法还包括：

从所述第一组消化的肽片段中选择第一消化的肽片段；以及

从所述第二组消化的肽片段中选择第二消化的肽片段，所述第二消化的肽片段的质量具有的与所述第一消化的肽片段的质量差等于赖氨酸氨基酸残基与精氨酸氨基酸残基之间的质量差。

6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中对来自所述第一组消化的肽片段的所述第一消化的肽片段进行片段化以产生与所述第一消化的肽片段对应的第一系列片段化的肽离子，并且对来自所述第二组消化的肽片段的与所述第一消化的肽片段对应的所述第二消化的肽片段进行片段化以产生与所述第二消化的肽片段对应的第二系列片段化的肽离子；并且其中分配所述肽离子对以得出氨基酸序列包括：

为所述肽离子对分配离子类型，以生成相同类型的肽离子的列表；

选择具有递增了一个或多个氨基酸残基的质量的递增质量的肽离子质量梯，以鉴定所述列表中的单独氨基酸残基；以及

以及装配鉴定出的氨基酸残基以确定所述感兴趣的多肽的氨基酸序列。

7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中从所述第一组片段化的肽离子和所述第二组片段化的肽离子中选择质量相差精氨酸氨基酸残基质量的所述肽离子对。

8.如权利要求7所述的方法，其中来自所述第一组片段化的肽离子和所述第二组片段化的肽离子的肽离子对之间的精氨酸氨基酸残基质量负差指示所述肽具有N末端精氨酸残基。

9.如权利要求7所述的方法，其中来自所述第一组片段化的肽离子和所述第二组片段化的肽离子的肽离子对之间的精氨酸氨基酸残基质量正差指示所述肽具有C末端精氨酸残基。

10.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中从所述第一组片段化的肽离子和所述第二组片段化的肽离子中选择质量相差赖氨酸氨基酸残基质量的所述肽离子对。

11.如权利要求10所述的方法，其中来自所述第一组片段化的肽离子和所述第二组片段化的肽离子的肽离子对之间的赖氨酸氨基酸残基质量负差指示所述肽具有N末端赖氨酸残基。