[发明专利]DLBCL起源细胞亚型的预测和表征

权利要求书

1.一种使用起源细胞(COO)DNA分类(COODC)来确定弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的起源细胞的方法。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述COODC包括：

a.从诊断患有DLBCL的患者获取样品，

b.对所述样品执行DNA测序，以及

c.将预定义的COODC分类器应用于基因组特征列表以计算预测分数。

3.根据权利要求2所述的方法，其中使用FoundationOne Heme平台的DNA组成部分来执行所述DNA测序。

4.根据权利要求2或3所述的方法，其中所述DNA测序包括大约300-500个基因的靶向DNA测序。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中使用所述COODC检测BCL2、EZH2和TNSFRSF14基因中的改变，所述检测预测所述DLBCL的COO是生发中心B细胞(GCB)。

6.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中检测到所述BCL2、EZH2和TNSFRSF14基因中的改变。

7.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中使用所述COODC检测染色体3q拷贝数、MYD88和CD79B基因中的改变，所述检测预测所述DLBCL的COO是活化B细胞(ABC)。

8.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中检测到所述染色体3q拷贝数、MYD88和CD79B基因中的改变。

9.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中使用所述COODC检测NOTCH1、NOTCH2和BCL6基因中的改变，所述检测预测所述DLBCL的COO是活化B细胞(ABC)。

10.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中检测到所述NOTCH1、NOTCH2和BCL6基因中的改变。

11.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中检测IGH:BCL2重排、CREBBP改变和TNFRSF14改变，所述检测预测所述DLBCL的COO是GCB。

12.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中检测到IGH:BCL2重排、CREBBP改变和TNFRSF14改变。

13.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中检测CDKN2A/B缺失、氨基酸196处的CD79B改变和氨基酸265处的MYD88改变，所述检测预测所述DLBCL的COO是ABC。

14.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中检测到CDKN2A/B缺失、氨基酸196处的CD79B改变和氨基酸265处的MYD88改变。

15.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中COSMIC特征3预测所述DLBCL的COO是GCB。

16.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中检测到COSMIC特征3。

17.根据权利要求2-16中任一项所述的方法，其进一步包括以下步骤：

d.将具有低于低临界值(例如，低预定义临界值)的预测分数的患者分类为GCB，并将具有高于或等于高临界值(例如，高预定义临界值)的预测分数的患者分类为ABC，可选地，其中所述低预定义临界值在0.2-0.3之间，且所述高预定义临界值在0.4-0.6之间，以及

e.可选地，将具有高于或等于所述低临界值(例如，所述低预定义临界值)且低于所述高临界值(例如，所述高预定义临界值)的预测分数的患者分类为未分类。