[发明专利]用于分析可变剪接的系统和方法

说明书

本文公开了用于量化和分析可变剪接事件以及预测可变剪接事件的生物学相关性的系统和方法，其包括软件模块：使用与用户提供的基因组、转录组或这两者相关的生物学数据来量化可变剪接事件；用存储在数据库中的信息处理量化的可变剪接事件；识别具有统计意义的可变剪接事件，预测可变剪接事件对蛋白质结构、蛋白质功能、RNA稳定性、RNA完整性或生物途径的功能影响，使用统计模型和机器学习算法一般预测异常剪接事件的可药用性和可逆性以及剪接的可控性。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2018年5月23日提交的美国临时申请No.62/675,590的权益，出于所有目的，该申请的公开内容通过引用整体包含于此。

关于联邦资助研究的声明

本发明是在美国政府的支持下完成的，其授权号为1R43GM116478-01和2R44GM116478-02A1，由卫生与公共服务部下属的国立卫生研究院授予。美国政府享有本发明的一些权利。

背景技术

在美国，癌症和遗传性疾病影响了超过3000万人。RNA剪接中的错误可以导致诸如骨髓增生异常综合症、急性髓性白血病、肌萎缩性侧索硬化症、亨廷顿病和脊髓性肌萎缩的疾病。RNA剪接是从新生前体信使RNA(pre-mRNA)中去除内含子(DNA的非蛋白质编码区)，然后将外显子(DNA的蛋白质编码区)连接在一起形成成熟信使RNA(mRNA)的过程。RNA剪接错误导致剪接的RNA不产生功能蛋白质，从而导致遗传疾病，包括多种类型的癌症。到2020年，全球RNA治疗市场预计约为12亿美元。

援引加入

本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请都以相同的程度通过引用并入本文，就如同每个单独的出版物、专利或专利申请被明确地并单独地指出通过引用并入一样。

发明内容

RNA剪接可以提供显着的治疗潜力。据报道，有370种遗传病是由剪接错误引起的。此外，引起突变的所有疾病中约有15％预计会破坏剪接，约50％的同义癌症驱动突变会破坏剪接。因此，迫切且未满足的需求是发现可能是药物靶标和/或生物标志物的异常剪接，以加速针对多种疾病的药物创新。