[发明专利]用于评估和/或治疗癌症的无细胞DNA在审
| 申请号： | 201980047828.3 | 申请日： | 2019-05-17 |
| 公开（公告）号： | CN112805563A | 公开（公告）日： | 2021-05-14 |
| 发明（设计）人： | V·E·韦尔库列斯库;S·克里斯蒂亚诺;A·莱亚尔;J·A·法伦;J·菲克塞尔;V·阿德勒夫;R·B·沙尔普夫 | 申请（专利权）人： | 约翰·霍普金斯大学 |
| 主分类号： | G01N33/50 | 分类号： | G01N33/50;A61P35/00;C12Q1/6869;C12N15/07 |
| 代理公司： | 北京戈程知识产权代理有限公司 11314 | 代理人： | 程伟 |
| 地址： | 美国马*** | 国省代码： | 暂无信息 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 用于 评估 治疗 癌症 细胞 dna | ||
1.一种确定哺乳动物的无细胞DNA(cfDNA)片段图谱的方法，该方法包括：
将从所述哺乳动物获得的样品中获得的cfDNA片段加工到测序文库中；
使所述测序文库进行低覆盖度的全基因组测序以获得测序片段；
将所述测序片段作图到基因组以获得作图序列的窗口；以及
分析所述作图序列的窗口以确定cfDNA片段长度。
2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述作图序列包括数十至数千个窗口。
3.根据权利要求1至2所述的方法，其中，所述窗口是不重叠的窗口。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中，所述窗口各自包括约500万个碱基对。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中在每个窗口内确定cfDNA片段图谱。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中，cfDNA片段图谱包括一中位片段大小。
7.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中，所述cfDNA片段图谱包括片段大小分布。
8.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述cfDNA片段图谱包括在所述作图序列窗口中小cfDNA片段与大cfDNA片段的比率。
9.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中，所述cfDNA片段图谱包括在整个基因组的窗口中的小cfDNA片段的序列覆盖度。
10.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中，所述cfDNA片段图谱包括在整个基因组的窗口中的大cfDNA片段的序列覆盖度。
11.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中，所述cfDNA片段图谱包括在整个基因组窗口中的小和大cfDNA片段的序列覆盖度。
12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中，所述cfDNA片段图谱在整个基因组上。
13.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中，所述cfDNA片段图谱跨越亚基因组间隔。
14.一种鉴定患有癌症的哺乳动物的方法，所述方法包括：
确定从所述哺乳动物获得的样品中的无细胞DNA(cfDNA)片段图谱；
比较所述cfDNA片段图谱与参考cfDNA片段图谱；以及
当从所述哺乳动物获得的所述cfDNA片段图谱与所述参考cfDNA片段图谱不同时，将所述哺乳动物鉴定为患有癌症。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述参考cfDNA片段图谱是健康哺乳动物的cfDNA片段图谱。
16.如权利要求15所述的方法，其中，所述参考cfDNA片段图谱是通过测定自所述健康哺乳动物获得的样品中的cfDNA片段图谱而产生的。
17.根据权利要求14的方法，其中所述参考DNA片段模式是参考核小体cfDNA片段图谱。
18.根据权利要求14至17中任一项所述的方法，其中，所述cfDNA片段图谱包括中值片段大小，并且其中，所述cfDNA片段图谱的一中值片段大小短于所述参考cfDNA片段图谱的中值片段大小。
19.根据权利要求14至17中任一项所述的方法，其中，所述cfDNA片段图谱包括片段大小分布，并且其中，所述cfDNA片段图谱的一片段大小分布和所述参考cfDNA片段图谱的片段大小分布至少相差10个核苷酸。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于约翰·霍普金斯大学，未经约翰·霍普金斯大学许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/pat/books/201980047828.3/1.html，转载请声明来源钻瓜专利网。
- 上一篇：使用先天淋巴样细胞抑制小胶质细胞激活
- 下一篇：紧固件组件以及方法
