[发明专利]利用可编程碱基编辑器系统编辑单核苷酸多态性的方法

权利要求书

1.一种编辑包含与Rett综合征(RTT)相关的单核苷酸多态性(SNP)的MECP2多核苷酸的方法，所述方法包括使所述MECP2多核苷酸与一种或多种指导多核苷酸复合的碱基编辑器接触，其中所述碱基编辑器包括多核苷酸可编程DNA结合结构域和腺苷脱氨酶结构域，其中一种或多种所述指导多核苷酸靶向所述碱基编辑器，以造成与RTT相关的SNP的A·T至G·C改变。

2.根据权利要求1的方法，其中所述接触是在细胞、真核细胞、哺乳动物细胞或人类细胞中。

3.根据权利要求1或权利要求2的方法，其中所述细胞是体内的。

4.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述细胞是离体的。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中，所述改变是R106W、R168*、R133C、T158M、R255*、R270*和R306C中的一个或多个。

6.根据权利要求1至5中任一项的方法，其中于所述与RTT相关的SNP处的所述A·T到G·C改变将使甲基CpG结合蛋白2(Mecp2)多肽中的半胱氨酸变为精氨酸，蛋氨酸变为苏氨酸，或终止密码子变为精氨酸。

7.根据权利要求1至6中任一项的方法，其中所述与RTT相关的SNP导致Mecp2多肽的表达，其中所述Mecp2多肽包含在氨基酸位置第168、133、255、270或306处的精氨酸或第158处的苏氨酸。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述多核苷酸可编程DNA结合结构域是化脓性链球菌Cas9(SpCas9)或其变体。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述多核苷酸可编程DNA结合结构域包含具有改变的原间隔物相邻基序(PAM)特异性的修饰的SpCas9。

10.根据权利要求9的方法，其中所述修饰的SpCas9对核酸序列5’-NGT-3’具有特异性。

11.根据权利要求10的方法，其中所述修饰的SpCas9包含L1111R、D1135V、G1218R、E1219F、A1322R、R1335V、T1337R以及L1111、D1135L、S1136R、G1218S、E1219V、D1332A、D1332S、D1332T、D1332V、D1332L、D1332K、D1332R、R1335Q、T1337、T1337L、T1337Q、T1337I、T1337V、T1337F、T1337S、T1337N、T1337K、T1337H、T1337Q和T1337M中的一个或多个的氨基酸取代，或其相应的氨基酸取代。

12.根据权利要求10的方法，其中所述修饰的SpCas9包含D1135L、S1136R、G1218S、E1219V、A1322R、R1335Q和T1337、以及L1111R、G1218R、E1219F、D1332A、D1332S、D1332T、D1332V、D1332L、D1332K、D1332R、T1337L、T1337I、T1337V、T1337F、T1337S、T1337N、T1337K、T1337R、T1337H、T1337Q和T1337M中的一个或多个的氨基酸取代，或其相应的氨基酸取代。

13.根据权利要求1至12中任一项的方法，其中所述多核苷酸可编程DNA结合结构域是核酸酶失活或切口酶变体。

14.根据权利要求13的方法，其中切口酶变体包含D10A的氨基酸取代或其相应的氨基酸取代。

15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所述腺苷脱氨酶结构域能够使脱氧核糖核酸(DNA)中的腺苷脱氨。