[发明专利]涉及乙氧二羟丁酮衍生物的组合物和方法

权利要求书

1.一种化合物，其具有下式：

其中Y是选自炔烃、叠氮化物、有张力的炔烃、二烯、亲双烯体、烷氧基胺、羰基、膦、酰肼、硫醇和烯烃的点击化学部分；并且X是接头。

2.根据权利要求1所述的化合物，其中X是叠氮化物。

3.根据权利要求1或2所述的化合物，其中所述接头是C1烷基至C10烷基或聚乙二醇接头。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中Y是CH₂。

5.一种化合物，其具有下式：

6.一种用于标记鸟嘌呤碱基的方法，其包括使待标记的鸟嘌呤与权利要求1所述的化合物接触以形成反应混合物，并在30℃至40℃孵育反应混合物至少5分钟。

7.根据权利要求6所述的方法，其中所述化合物是N₃-乙氧二羟丁酮。

8.根据权利要求6或7所述的方法，其中所述鸟嘌呤还包含在多核苷酸中。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述多核苷酸是核糖核酸(RNA)。

10.根据权利要求8所述的方法，其中所述多核苷酸是脱氧核糖核酸(DNA)。

11.根据权利要求9所述的方法，其中所述RNA是RNA转录物。

12.一种用于标记细胞中的单链核酸的方法，其包括

(i)使靶细胞与权利要求1所述的化合物接触以形成包含具有乙氧二羟丁酮衍生物标记的鸟嘌呤碱基的核酸的经处理的细胞；

(ii)使经处理的细胞和包含至少两个点击化学反应部分及标签的交联部分接触，其中交联部分与两个邻近的乙氧二羟丁酮衍生物标记的鸟嘌呤交联以形成交联的核酸；和

(iii)使用对标签具有亲和力的试剂片段化和分离交联的核酸。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述标签为生物素。

14.根据权利要求13所述的方法，其中对标签具有亲和力的试剂是链霉亲和素。

15.根据权利要求12至14中任一项所述的方法，其中所述点击化学反应部分是二苯并环辛炔部分。

16.根据权利要求12至15中任一项所述的方法，其中所述交联的核酸包括两种或多于两种核酸。

17.根据权利要求12至16中任一项所述的方法，其中所述交联的核酸是RNA。

18.一种用于体内全转录组RNA二级结构绘制和RNAG-四联体预测的方法，其包括以下步骤：

(a)用乙氧二羟丁酮点击化学衍生物在体内标记核酸；

(b)使经标记的核酸生物素化；

(c)使经标记和经生物素化的核酸片段化；

(d)由经片段化/经生物素化的核酸合成互补DNA(cDNA)；

(e)分离与经生物素化的核酸有关的合成的cDNA；

(f)基于尺寸分离cDNA；

(g)进行经分离的cDNA的环化，以形成经环化的cDNA文库；和

(h)扩增经环化的cDNA文库。

19.根据权利要求18所述的方法，其中cDNA的环化包括用单链DNA连接酶连接cDNA。

20.根据权利要求18所述的方法，其中扩增经环化的cDNA文库包括聚合酶链反应(PCR)。