[发明专利]用于LC-MS/MS蛋白质组学基因分型的方法和系统在审
| 申请号： | 201980036361.2 | 申请日： | 2019-05-31 |
| 公开（公告）号： | CN112689762A | 公开（公告）日： | 2021-04-20 |
| 发明（设计）人： | C·M·舒福德;R·P·格兰特;M·N·布拉德雷;P·L·M·霍兰德;M·莱温杜斯基 | 申请（专利权）人： | 美国控股实验室公司 |
| 主分类号： | G01N33/68 | 分类号： | G01N33/68;G01N33/487;G01N33/92 |
| 代理公司： | 中国贸促会专利商标事务所有限公司 11038 | 代理人： | 李程达 |
| 地址： | 美国北*** | 国省代码： | 暂无信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 用于 lc ms 蛋白质 基因 方法 系统 | ||
1.一种用于确定受试者中感兴趣的基因的基因型的方法，所述方法包括：
提供来自所述受试者的体液，所述体液包含来源于所述感兴趣的基因的蛋白质；
将所述体液沉积在固体基底上，其中允许所述体液干燥以产生干燥的样品；
消化所述干燥的样品以产生针对所述蛋白质的至少一种等位基因特异性替代肽；
使用质谱检测经消化的样品中存在的至少一种等位基因特异性替代肽；和
基于所述至少一种等位基因特异性替代肽的存在或不存在或量来确定所述受试者的基因型。
2.权利要求1所述的方法，其中所述消化步骤是用蛋白酶胰蛋白酶进行的。
3.权利要求1-2中任一项所述的方法，其中包含来源于所述感兴趣的基因的蛋白质的所述干燥的样品在消化之前被变性。
4.权利要求1-3中任一项所述的方法，其中通过液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)分析所述至少一种等位基因特异性替代肽。
5.权利要求1-4中任一项所述的方法，其进一步包括测量对于所述感兴趣的基因的每种基因型所共有的至少一种共同替代肽的量。
6.权利要求5所述的方法，其中所述至少一种等位基因特异性替代肽的存在或不存在是通过将针对所述至少一种等位基因特异性替代肽的测量的响应与针对至少一种共同替代肽的测量的响应进行比较来确定的。
7.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述至少一种等位基因特异性替代肽的存在或不存在是通过将针对所述至少一种等位基因特异性替代肽的测量的响应与针对所述至少一种等位基因特异性替代肽的稳定的同位素标记的类似物的测量的响应进行比较来确定的。
8.权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述至少一种共同替代肽的存在或不存在是通过将针对所述至少一种共同替代肽的测量的响应与针对所述至少一种共同替代肽的稳定的同位素标记的类似物的测量的响应进行比较来确定的。
9.权利要求7-8中任一项所述的方法，其中添加所述至少一种等位基因特异性替代肽的稳定的同位素标记的类似物作为内标。
10.权利要求7-9中任一项所述的方法，其中添加所述至少一种共同替代肽的稳定的同位素标记的类似物作为内标。
11.权利要求7-10中任一项所述的方法，其中将所述等位基因特异性替代肽的测量的响应标准化至所述至少一种等位基因特异性替代肽的稳定的同位素标记的类似物的测量的响应。
12.权利要求7-11中任一项所述的方法，其中将所述共同替代肽的测量的响应标准化至所述至少一种共同替代肽的稳定的同位素标记的类似物的测量的响应。
13.权利要求9所述的方法，其中在所述消化步骤之前添加所述内标。
14.权利要求10所述的方法，其中在所述消化步骤之前添加所述内标。
15.权利要求6-14中任一项所述的方法，其中所述测量的响应是从所述等位基因特异性替代肽产生的至少一个碎片离子的MS/MS转变特征的峰面积比。
16.权利要求6-14中任一项所述的方法，其中所述测量的响应是从所述共同替代肽产生的至少一个碎片离子的MS/MS转变特征的峰面积比。
17.权利要求1-16中任一项所述的方法，其中所述蛋白质是ApoL1。
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