[发明专利]用于知识发现的搜索工具

权利要求书

1.一种用于搜索生物实体的集合的系统，所述系统包括：

用户输入模块，被配置为接收包括生物实体的表示的用户输入；

搜索模块，被配置为确定生物实体的集合中的哪些实体与所述用户输入相关联；

可视化模块，被配置为呈现所述集合的多个生物实体以及它们之间的亲子关系的可视化；和

覆盖模块，被配置为呈现关联指示符，所述关联指示符在视觉上指示与所述用户输入相关联的所述可视化的一个或多个生物实体。

2.根据权利要求1所述的系统，其中，所述生物实体的集合包括疾病的集合、基因、蛋白质、药物、生物途径或生物过程。

3.根据权利要求1所述的系统，其中，所述用户输入包括疾病、基因、蛋白质、药物、生物途径、生物过程、解剖区域、解剖实体、组织或细胞类型中的一个或多个的表示。

4.根据权利要求1所述的系统，其中所述关联指示符包括覆盖图。

5.根据权利要求1所述的系统，其中，对于所述多个生物实体中的每一个，所述可视化包括相应生物实体的视觉指示，所述视觉指示的大小取决于所述相应生物实体在所述亲子关系中的分层状态。

6.根据权利要求1所述的系统，其中所述覆盖模块被配置为基于所述生物实体与所述用户输入之间的关联的证据类型或置信度分数来调整所述生物实体的视觉指示的大小。

7.根据权利要求1所述的系统，其中，所述可视化模块被配置为通过使用具有非空间实体的绘图可视化工具来呈现所述可视化。

8.根据权利要求1所述的系统，其中,所述多个生物实体包括重复的生物实体。

9.根据权利要求1所述的系统，其中，所述可视化模块被配置为使得能够通过用户输入来控制缩放。

10.根据权利要求1所述的系统，其中,所述系统被配置为启用对所述生物实体的集合的用户选择。

11.根据权利要求1所述的系统，其中,所述系统被配置为呈现所关注实体指示符，所述所关注实体指示符在视觉上指示具有与所述用户输入相关联的近亲和其自身不与所述用户输入相关联的近亲的阈值比例的一个或多个生物实体。

12.根据权利要求1所述的系统，其中,所述搜索模块被配置为通过查询数据库来确定关联。

13.根据权利要求12所述的系统，其中，所述数据库包括由用户治疗的关联数据。

14.根据权利要求12所述的系统，其中，所述数据库包括基于机器学习预测生成的关联数据。

15.根据权利要求12所述的系统，其中，所述数据库包括基于所述用户输入中所表示的所述生物实体以及所述生物实体的集合中的生物实体在文献中的共现而生成的关联数据，所述共现是通过自然语言处理工具来检测的。

16.根据权利要求1所述的系统，其中，所述搜索模块被配置为通过使机器学习算法生成预测来确定关联。

17.根据权利要求1所述的系统，其中，所述搜索模块被配置为通过使自然语言处理工具检测所述用户输入中所表示的所述生物实体和所述生物实体的集合中的生物实体在文献中的至少一个共现来确定关联。

18.根据权利要求1所述的系统，其中，所述覆盖模块被配置为呈现关联的证据类型的视觉指示。

19.根据权利要求18所述的系统，其中，所述证据类型包括人类治疗、机器学习预测或自然语言处理。