[发明专利]用于胎儿核酸分析的分子靶标

说明书

本公开内容提供了用于评估核酸大小分布和遗传异常的方法和组合物。所公开的方法可用于确定样品中核酸的大小分布，例如血浆样品中的胎儿级分。所公开的方法可用于鉴定或检测来自受试者的遗传异常，例如胎儿非整倍性(例如，21三体)。

交叉引用

本申请要求2018年2月28日提交的美国临时专利申请号62/636,632的权益，该临时申请通过引用全文并入本文。

背景技术

数字PCR(dPCR)是用于检测和定量核酸靶标的有用方法。使用标记的寡核苷酸探针能够对分区(例如，微滴、微孔)中存在的靶标进行特异性检测。dPCR可用于多种核酸检测方法。

发明内容

在一些方面，本文公开了一种用于分析核酸的大小分布的方法，所述方法包括：(A)提供样品，所述样品包括：(i)第一多个核酸和第二多个核酸，其中第一多个核酸各自包含给定长度的第一核酸序列，并且第二多个核酸各自包含比给定长度更长的第二核酸序列；(ii)被配置为扩增第一核酸序列的第一组配对寡核苷酸引物；和(iii)被配置为扩增第二核酸序列的第二组配对寡核苷酸引物；(B)对以下项进行扩增反应：(a)第一核酸序列，以生成第一信号，和(b)第二核酸序列，以生成第二信号；以及(C)确定从第一信号得出的第一值与从第二信号得出的第二值的比率，从而分析大小分布。在一些实施方案中，样品还包括(iv)被配置为与第一核酸序列的区域杂交的第一寡核苷酸探针和(v)被配置为与第二核酸序列的区域杂交的第二寡核苷酸探针。在一些实施方案中，第一信号从第一寡核苷酸探针生成，并且第二信号从第二寡核苷酸探针生成。在一些实施方案中，样品还包括嵌入染料。在一些实施方案中，第一信号或第二信号从嵌入染料生成。在一些实施方案中，第一信号和第二信号从嵌入染料生成。在一些实施方案中，嵌入染料是Green或Eva在一些实施方案中，第一信号或第二信号由质谱分析法生成。

在一些方面，本文公开了一种用于分析核酸的大小分布的方法，所述方法包括：(A)提供样品，所述样品包括：(i)第一多个核酸和第二多个核酸，其中第一多个核酸各自包含给定长度的第一核酸序列，并且第二多个核酸各自包含比给定长度更长的第二核酸序列；(ii)被配置为扩增第一核酸序列的第一组配对扩增寡聚体；(iii)被配置为扩增第二核酸序列的第二组配对扩增寡聚体；(iv)被配置为退火至第一核酸序列的区域的第一检测探针；和(v)被配置为退火至第二核酸序列的区域的第二检测探针；(B)对以下项进行扩增反应：(a)第一核酸序列，以从第一检测探针生成第一信号，和(b)第二核酸序列，以从第二检测探针生成第二信号；以及(C)确定从第一信号得出的第一值与从第二信号得出的第二值的比率，从而分析大小分布。在一些实施方案中，第一组配对扩增寡聚体包含：第一正向扩增寡聚体；和第一反向扩增寡聚体。在一些实施方案中，第一组配对扩增寡聚体包含：多个第一正向扩增寡聚体；和多个第一反向扩增寡聚体。在一些实施方案中，多个第一正向扩增寡聚体中的每一个具有不同的核酸序列。在一些实施方案中，多个第一正向扩增寡聚体中的第一正向扩增寡聚体被配置为与第一序列的区域杂交。在一些实施方案中，多个第一反向扩增寡聚体中的每一个具有不同的核酸序列。在一些实施方案中，多个第一反向扩增寡聚体中的第一反向扩增寡聚体被配置为与第一序列的区域杂交。在一些实施方案中，第二组配对扩增寡聚体包含：第二正向扩增寡聚体；和第二反向扩增寡聚体。在一些实施方案中，第二组配对扩增寡聚体包含：多个第二正向扩增寡聚体；和多个第二反向扩增寡聚体。在一些实施方案中，多个第二正向扩增寡聚体中的每一个具有不同的核酸序列。在一些实施方案中，多个第二正向扩增寡聚体中的第二正向扩增寡聚体被配置为与第二序列的区域杂交。在一些实施方案中，多个第二反向扩增寡聚体中的每一个具有不同的核酸序列。在一些实施方案中，多个第二反向扩增寡聚体中的第二反向扩增寡聚体被配置为与第二序列的区域杂交。在一些实施方案中，第一值和第二值提供对应于样品中第一多个核酸和第二多个核酸的丰度的定量比率量度。在一些实施方案中，第一检测探针或第二检测探针包含非靶标杂交序列。在一些实施方案中，第一检测探针或第二检测探针是发夹检测探针。在一些实施方案中，发夹检测探针是分子信标或分子火炬(torch)。在一些实施方案中，样品包括：基因组DNA、mRNA、cDNA或其组合。在一些实施方案中，样品源自孕妇的血浆。在一些实施方案中，样品包括母体核酸和胎儿核酸。在一些实施方案中，第一多个核酸包含胎儿核酸，并且第二多个核酸包含母体核酸。在一些实施方案中，所述比率的确定提供胎儿级分。在一些实施方案中，样品来自患有或疑似患有癌症的个体。