[发明专利]核酸扩增方法

说明书

本文提供了用于准确且可扩展的主要模板定向扩增(PTA)核酸扩增和测序方法的组合物和方法，及其在研究、诊断和治疗中的应用。

交叉引用

本申请要求于2018年1月29日提交的美国临时专利申请号62/623,471的权益，该临时申请的内容通过引用以其全文并入于此。

背景技术

利用核酸扩增的研究方法，例如，下一代测序，提供了关于复杂样品、基因组和其他核酸来源的大量信息。然而，对于涉及小样品的研究、诊断和治疗，需要高度准确、可扩展和有效的核酸扩增和测序方法。

发明内容

本文提供的组合物包括：至少一种靶核酸分子和扩增子文库，其中所述扩增子文库包括从所述至少一种靶核酸分子的扩增获得的多种多核苷酸，其中至少一些所述多核苷酸包括终止子核苷酸，其中所述多核苷酸的至少5％是所述至少一种靶核酸分子的直接拷贝。本文还提供了组合物，其中所述多核苷酸的至少10％是所述至少一种靶核酸分子的直接拷贝。本文还提供了组合物，其中所述多核苷酸的至少15％是所述至少一种靶核酸分子的直接拷贝。本文还提供了组合物，其中所述多核苷酸的至少25％是所述至少一种靶核酸分子的直接拷贝。本文还提供了组合物，其中所述多核苷酸的至少50％是所述至少一种靶核酸分子的直接拷贝。本文还提供了组合物，其中所述多核苷酸的5-50％是所述至少一种靶核酸分子的直接拷贝。本文还提供了组合物，其中所述多核苷酸的5-25％是所述至少一种靶核酸分子的直接拷贝。本文还提供了组合物，其中多核苷酸的累积分数的不超过50％包括所述至少一种靶核酸分子的序列的累积分数的至少80％的序列。本文还提供了组合物，其中所述多种多核苷酸的累积分数的不超过50％包括靶核酸序列的累积分数的至少85％的序列。本文还提供了组合物，其中所述多种多核苷酸的累积分数的不超过50％包括靶核酸序列的累积分数的至少90％的序列。本文还提供了组合物，其中所述扩增子文库的基尼指数不超过0.5。本文还提供了组合物，其中所述扩增子文库的基尼指数不超过0.4。本文还提供了组合物，其中所述多种多核苷酸的长度为约50至约2000个核苷酸。本文还提供了组合物，其中多核苷酸的长度为约400至约600个核苷酸。本文还提供了组合物，其中多核苷酸的数目为100-5000。本文还提供了组合物，其中多核苷酸的数目为250-1250。本文还提供了组合物，其中多核苷酸的数目为至少100。本文还提供了组合物，其中多核苷酸的数目为至少500。本文还提供了组合物，其中多核苷酸的数目为至少1000。本文还提供了组合物，其中至少一些所述多核苷酸包括条形码。本文还提供了组合物，其中所述条形码包括细胞条形码。本文还提供了组合物，其中所述条形码包括样品条形码。本文还提供了组合物，其中至少一些所述多核苷酸包括独特分子标识码。本文还提供了组合物，其中所述多种多核苷酸包括至少部分代表基因组的序列。本文还提供了组合物，其中所述多种多核苷酸包括至少部分代表至少两个基因组的序列。本文还提供了组合物，其中所述多种多核苷酸包括来自cDNA的序列。本文还提供了组合物，其中至少90％的所述多核苷酸包括终止子核苷酸。本文还提供了组合物，其中至少98％的所述多核苷酸包括终止子核苷酸。本文还提供了组合物，其中所述终止子核苷酸附接至所述至少一些多核苷酸的3’末端。本文还提供了组合物，其中所述终止子核苷酸选自带有α基团修饰的核苷酸、C3间隔子核苷酸、锁核酸(LNA)、反向核酸、2’氟核苷酸、3’磷酸化核苷酸、2’-O-甲基修饰核苷酸和反式核酸。本文还提供了组合物，其中所述带有α基团修饰的核苷酸为α-硫代双脱氧核苷酸。本文还提供了组合物，其中所述终止子核苷酸包括脱氧核糖的3’碳的r基团的修饰。本文还提供了组合物，其中所述终止子核苷酸选自含有核苷酸的3’封闭的可逆终止子、含有核苷酸的3’未封闭的可逆终止子、含有脱氧核苷酸的2’修饰的终止子、含有对脱氧核苷酸的含氮碱基的修饰的终止子，及其组合。本文还提供了组合物，其中所述终止子核苷酸选自双脱氧核苷酸、反向双脱氧核苷酸、3’生物素化核苷酸、3’氨基核苷酸、3’-磷酸化核苷酸、3’-O-甲基核苷酸、包括3’C3间隔子核苷酸、3’C18核苷酸、3’己二醇间隔子核苷酸的3’碳间隔子核苷酸、无环核苷酸，及其组合。本文还提供了组合物，其中所述组合物包含在液滴中。