[发明专利]肿瘤浸润淋巴细胞治疗的生物标记物预测及其用途

说明书

本发明涉及可用于过继细胞疗法的生物标记物。考虑的生物标记物是CD150，又名SLAM或SLAMF1。本文中我们验证了CD150在肿瘤浸润淋巴细胞输注产品上的表达与在那些患者中看到的应答率相关。高CD150表达可见于继续具有完全应答的患者，低表达可见于对治疗无应答的患者。本发明涉及生物标记物用于预测治疗的患者的应答率或将治疗的患者分级的用途。其还涵盖了该受体通常在过继细胞疗法方案中的应用，包括但不限于在T细胞群体中过表达该受体或分离表达CD150的细胞以提高功效。

技术领域

本发明涉及在使用T细胞(包括肿瘤浸润淋巴细胞(TIL))治疗之后的癌症预后的领域。该预后是基于由T细胞(包括肿瘤浸润淋巴细胞)表达的生物标记物的定量。本发明还涉及利用和/或操纵生物标记物来增强T细胞治疗(包括TIL治疗)的治疗效果。

背景技术

使用同体T细胞以介导癌症逆转的过继细胞疗法(ACT)已在早期临床试验中显示了很大的希望。已经采取了几种通用方法，例如使用天然存在的肿瘤反应性或肿瘤浸润淋巴细胞/离体扩增的肿瘤相关淋巴细胞(TIL)。此外，可以对T细胞进行基因修饰以使其重新靶向确定的肿瘤抗原。这可以通过以下方式的基因转移实现：肽(p)-主要组织相容性复合体(MHC)特异性T细胞受体(TCR)；或肿瘤特异性单链抗体片段(scFv)和T细胞信号传导结构域(例如，CD3ξ)之间的合成融合，后者被称为嵌合抗原受体(CAR)。当靶向黑素瘤时，TIL和TCR转移已被证明特别有效(Rosenberg等，2011；Morgan等，2006)，而CAR治疗在某些B细胞恶性肿瘤的治疗中已显示出很大的希望(Grupp等，2013)。

肿瘤浸润淋巴细胞治疗已应用于多种不同的恶性肿瘤，包括胃癌(Xu等，1995)，肾癌(Figlin等，1997；Goedegebuure等，1995)，宫颈癌(Stevanovic等，2015)和结直肠癌(Gardini等，2004)，但在黑素瘤治疗中得到了最广泛的应用并显示了最大的发展和希望。在晚期转移黑素瘤中的试验始终显示应答率为约50％，且完全应答(治愈)为15-20％(Rosenberg等，2011；Dudley等，2010)。此外，肿瘤相关的淋巴细胞可从腹水获得并且以与TIL相同的方式生长。

TIL生产过程与基因修饰的T细胞相比提供了较低的成本和改善的技术创新；然而，该过程更耗人力并且需要更高程度的用户技能以优化生长。在当前的方法中，肿瘤活检从患者获取并送往实验室设施。对于TIL生产有两种选择：i)将肿瘤切割成约1-2mm³的小块并接种到24孔组织培养板上的各个孔中；或ii)将肿瘤酶促消化并将所得的单细胞悬浮液在24孔组织培养板中培养。在两种情况中，TIL均在之后以3000lU/ml IL-2培养2-3周，在此之后它们与辐照的饲养细胞一起经历两周的扩增，得到约1×10¹⁰细胞用于输注。在扩增阶段期间，患者接受预处理化疗(通常为环磷酰胺和氟达拉滨)，并且在输注细胞时接受支持性IL-2治疗以增强TIL移植成活率。

在进行任何治疗性干预的情况下，患者的应答是混合的，并且作为治疗改善的一部分，目标是随后确定哪个患者将从所给予的治疗中获得明显的收益。免疫疗法也不例外，并且作为经典示例，治疗前的平均小体血红蛋白浓度已显示出可预测TroVax疫苗接种的结果(Harrop等，2012)，并且PDL1表达已被用于定义从抗PD1疗法治疗受益更多的患者(Topalian等，2012)。由于黑素瘤中的TIL治疗具有约50％的应答率，这将有利于寻找可预测那些将从治疗中受益最大的患者的标记物，特别是因为与TIL一起使用的药物可能具有很高的毒性(IL-2和预处理化疗)。因此，已显示富含效应记忆T细胞的TIL产品表现出更好的患者应答(Radvanyi等，2015)。此外，TIL中的BTLA表达与TIL输注后的良好预后相关(Radvanyi等，2012；Haymaker等，2015)。

本文提供的发明涉及一种与输注后的成功治疗相关的细胞表面标记物，因此能够用作预后标记物，表达该标记物的TIL群体似乎显示肿瘤反应性的增加，因为它们与改善的临床应答率相关。