[发明专利]尿路上皮癌的风险的判定方法

说明书

本发明提供一种以DNA的甲基化水平为基准来判定尿路上皮癌的风险的方法。一种尿路上皮组织的癌化风险的判定方法，包括：对来自尿路上皮细胞或含有该尿路上皮细胞的组织的基因组DNA中的选自TENM3、HOXC4、TLR1、CPVL和PRDM16中的至少1个基因的CpG位点的DNA甲基化水平进行检测，以及由检测的DNA甲基化水平来判定该尿路上皮组织的癌化风险。

技术领域

本发明涉及一种尿路上皮癌的风险的判定方法。

背景技术

尿路上皮癌以时间和空间多发性、即肾盂、输尿管和膀胱的多个位置或广范围的同时性和异时性的病变的发生为临床病理学特征。作为空间多发性的显著的例子，有从肾盂到尿道广泛发展至整个尿路的高异型度扁平上皮内癌。高异型度扁平上皮内癌被认为是恶性度高且预后不良的非乳头状(结节状)的浸润性尿路上皮癌的前期病变。与此相对，低异型度的浅表性乳头状尿路上皮癌虽然反复频繁复发(异时多发性)，但预后良好。但是，低异型度的乳头状尿路上皮癌反复复发后使异型度增加，有时经过高异型度的乳头状尿路上皮癌发展至非乳头状(结节状)的浸润性尿路上皮癌。

在尿路中，可以使用膀胱镜来观察病变，另外可以非侵害性地反复施行细胞诊断，更重要地，全膀胱切除术明显限制QOL，因此，作为尿路上皮癌的治疗法，首先选择经尿道切除术(TUR)、基于BCG注入的保守疗法。另一方面，尿路上皮癌由于其多发性，即使看起来手术疗法成功也不容易成为终诊，需要长期的慎重的后续观察。为了更良好地保持患者的QOL和生命预后，对医生要求关于手术疗法的适用时期和手术方式进行适当判断。

近年来，明确了DNA的甲基化的异常与癌化密切相关，受到瞩目。作为癌细胞中的特征性的表观遗传异常，已知有一部分基因启动子区域中的CpG岛的异常的DNA甲基化。CpG岛是介由磷酸二酯键(p)的胞嘧啶(C)－鸟嘌呤(G)这2碱基序列以高频率出现的区域，多存在于基因上游的启动子区域。CpG岛的DNA甲基化的异常通过癌抑制基因的失活等而参与致癌。结肠癌、胃癌、肾细胞癌等中，报告了与临床病理学因子相关的CpG岛的DNA甲基化亢进(非专利文献1～4、专利文献1～4)。关于尿路上皮癌，报告了通过测定临床试样的DNA甲基化率来预测尿路上皮癌的发生风险等(非专利文献5)。进而，报告了由尿路上皮癌症例得到的非癌尿路上皮显示与正常尿路上皮不同的DNA甲基化谱，表明DNA甲基化异常参与尿路上皮癌的时间和空间多发性(非专利文献6)。另外，虽然未必着眼于尿路上皮癌的时间和空间多发性，但报告了同源异型基因HOX基因组、编码转录因子的TBX2·GATA2、受体型酪氨酸激酶FGFR3、组蛋白甲基化酶EZH2的DNA甲基化亢进和重复序列LINE－1的DNA甲基化减弱等与尿路上皮癌的关联(非专利文献7)。

作为甲基化DNA的解析方法，已经建立了利用亚硫酸氢盐(bisulfite)法的方法，并被广泛使用。作为以亚硫酸氢盐法为基本原理的甲基化DNA解析方法，经常使用Methylation－Specific PCR(MSP)法、Combined Bisulfite Restriction Analysis(COBRA)法、基于BAC阵列的甲基化CpG岛扩增法(BAMCA法)。在专利文献1中公开了通过BAMCA法来检测特定的基因的CpG位点的甲基化水平，从而对尿路上皮癌的发生风险和预后不良风险等进行检测的方法。然而，在该方法中，通过BAC整体的杂交来测定BAC克隆上的多个CpG位点的DNA甲基化率的平均量，诊断精度高的CpG位点不明确，此外，测定方法繁杂，难以医疗实施。在专利文献2中公开了通过微珠阵列法、质谱分析(MassARRAY法)、焦磷酸测序、甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析、定量PCR、亚硫酸氢盐处理物的直接测序、COBRA法等来检测特定基因的CpG位点的甲基化水平，从而对肾细胞癌的预后不良风险进行检测的方法。在专利文献3、4中公开了基于离子交换色谱的保留时间的不同来检测特定基因的CpG位点的甲基化水平，从而判定癌的预后的方法。

现有技术文献

专利文献

专利文献1：日本特开2010－207162号公报