[发明专利]通过评价肿瘤遗传异质性来预测对治疗的应答的方法

说明书

本发明是通过系列取样患者的无细胞肿瘤核酸，以确定突变数目/血浆量中的变化，来预测癌症患者中对治疗的应答的方法。

发明领域

本发明涉及肿瘤学领域。更具体而言，本发明涉及癌症患者的基于核酸的测试领域。

发明背景

尽管化学放射疗法在许多类型的癌症的常规使用，但许多患者具有不良应答或难以治疗。当前的预后方法仍限于成像。CT扫描通常在治疗后的几个月执行，在本可以已获益于临时替代治疗的患者中，这对于检测疾病进展可能太晚。CT扫描可能也没有足够的分辨率，以准确地评价具有较小肿瘤的患者中的疾病负担。

血浆中的循环肿瘤DNA（ctDNA）是快速且准确地评估疾病负担的替代方法，并且可以克服在肿瘤克隆性的评价中的活组织检查部位偏差。ctDNA指脱落到血流内的肿瘤起源的碎片DNA。先前分析已指示，血浆中的ctDNA水平可以用作疾病监测的工具，可以评价治疗应答，并且可以比CT扫描更快速且准确地检测残留和复发性疾病以及治疗失败，Diehl F等人（2008）Circulating mutant DNA to assess tumor dynamics. Nat Med. Sep；14（9）:985-90。ctDNA的预后价值已在几种类型的癌症研究中得到证实。Almodovar K等人（2018）Longitudinal cell-free DNA analysis in patients with small cell lung cancer reveals dynamic insights into treatment efficacy and disease relapse. JThorac Oncol. Jan；13（1）:112-123。Tie J.等人，（2015）Circulating tumor DNA as an early marker of therapeutic response in patients with metastatic colorectal cancer. Ann Oncol. 26:1715–1722。然而，存在从定性评价转换到可以实时指导患者护理的定量测量的需要。

发明概述

本发明是通过经由非侵入性方法评价对治疗的应答，评价且指导癌症患者的治疗的方法。该方法包括测量与无细胞肿瘤DNA（也称为循环肿瘤DNA（ctDNA））相关的新型参数中的变化。该新型参数测量突变体ctDNA分子的数目/收集的血浆量（例如血浆的体积）。

在一个实施方案中，本发明是确定癌症患者是否已积极响应治疗方案的方法，该方法包括以下步骤：提供在治疗方案期间的第一时间点从患者收集的血浆样品；提供在治疗方案期间的第二时间点从患者收集的血浆样品；在样品中确定表1或表2中列出的每种生物标记物的至少一部分的序列；在样品中确定生物标记物中检测到的突变数目与样品体积的比率（MMPM）；并且如果第二样品中的MMPM低于第一样品中的MMPM，则确定患者已响应治疗方案；或者如果第二样品中的MMPM不低于第一样品中的MMPM，则确定患者未响应治疗方案。癌症可以选自非小细胞肺癌（NSCLC）、小细胞肺癌（SCLC）和结肠直肠癌（CRC）。患者对治疗的响应可以选自增加的无进展存活（PFS）和增加的总体存活（OS）。治疗方案可以选自用FOLFOXIRI-贝伐珠单抗的治疗，用FOLFOX-贝伐珠单抗、卡培他滨-贝伐珠单抗的治疗和化学放射疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括收集在治疗方案期间的另外时间点取样的另外血浆，并且确定MMPM与先前的时间点相比在其中是否已减少还是大于随后时间点中的MMPM。