[发明专利]用于重组酶介导的选择性切割核酸的方法和组合物

说明书

本文提供的方法和组合物的实施方式涉及靶核酸的选择性切割。一些实施方式包括用单链核酸探针和重组酶进行重组酶介导的靶核酸的选择性切割。一些实施方式还包括通过选择性切割样品中的靶核酸和从所述样品除去所切割的靶核酸而富集样品中的非靶核酸。

相关申请的交叉引用

本申请要求2018年3月19日提交的题为“METHODS AND COMPOSITIONS FORRECOMBINASE-MEDIATED SELECTIVE CLEAVAGE OF NUCLEIC ACIDS”的美国临时申请号62/644727的优先权，其全部内容通过引用并入本文。

序列表引用

本申请与电子格式的序列表一起提交。序列表作为题为ILLINC408WOSEQLISTING创建于2019年3月13日的文件提供，大小约为19Kb。序列表的电子格式的信息的全部内容通过引用并入本文。

技术领域

本文提供的方法和组合物的实施方式涉及靶核酸的选择性切割。一些实施方式包括用单链核酸探针和重组酶进行重组酶介导的靶核酸的选择性切割。一些实施方式还包括样品中的通过选择性切割样品中的靶核酸和从所述样品除去所切割的靶核酸而富集样品中的非靶核酸。

发明背景

病原体的检测通常是通过基于抗体的方法，聚合酶链反应(PCR)，或靶向核酸捕获然后测序来完成。这些方法各自需要靶向试剂，例如抗体或DNA寡核苷酸，因此需要在之前了解病原体。结果，这些方法可能无法检测以前未被发现或被忽略的病原体。在识别感兴趣的病原体后，可以开发靶向方法。然而，任何包含新检测试剂的临床检测或诊断测试都需要获得监管机构的批准，从而增加了将测试投放市场的成本和时间。

发明内容

本文提供的方法和组合物的一些实施方式是一种在样品中非靶核酸存在下选择性切割靶核酸的方法，其包括：(a)获得包含靶核酸的样品，其中所述靶核酸是双链的；(b)使所述靶核酸与单链核酸探针和重组酶接触，使得形成所述靶核酸中的D环；和(c)使所述D环与核酸酶接触，从而切割所述靶核酸。在一些实施方式中，样品包含非靶核酸。一些实施方式还包括(d)从所述非靶核酸除去所切割的靶核酸。

在一些实施方式中，步骤(b)是在稳定所述D环的条件下进行。在一些实施方式中，步骤(b)包括使所述D环与聚合酶接触。在一些实施方式中，步骤(b)还包括使所述D环与单链结合蛋白接触。

一些实施方式还包括延伸所述单链核酸探针。一些实施方式还包括降解从所述核酸探针延伸的核酸。一些实施方式还包括将dUTP核苷酸掺入所述延伸的核酸中，并使所述延伸的核酸与选自尿嘧啶DNA糖基化酶，无嘌呤/无嘧啶内切核酸酶，和DNA糖基化酶内切核酸酶VII的核酸酶接触。

一些实施方式还包括(e)制备包含所述非靶核酸的核酸文库。在一些实施方式中，是在步骤(d)之后进行(e)。在一些实施方式中，是在步骤(b)之前进行(e)。

本文提供的方法和组合物的一些实施方式是一种用于使包含靶核酸和非靶核酸的样品去宿主化的试剂盒，所述试剂盒包括：单链核酸探针；重组酶；和第一核酸酶。一些实施方式还包括选自以下的组分：聚合酶、单链结合蛋白、终止子核苷酸、dUTP核苷酸、和第二核酸酶，所述第二核酸酶选自尿嘧啶DNA糖基化酶、无嘌呤/无嘧啶内切核酸酶、和DNA糖基化酶核酸内切酶VII。在一些实施方式中，所述重组酶选自RecA、UvsX、RAD51及其衍生物。在一些实施方式中，所述第一核酸酶选自S1核酸酶、绿豆核酸酶、和包含具有核酸酶活性的结构域和单链核酸结合结构域的重组蛋白。一些实施方式还包括多个单链核酸探针。在一些实施方式中，所述多个单链核酸探针包含不同的单链核酸探针。