[发明专利]生物信息软件监控系统及方法

说明书

本发明实施例提供一种生物信息软件监控系统及方法，包括：Docker集群、kafka消息系统、监控模块、生物信息软件和分析模块；每个生物信息软件与其对应的监控模块封装在相应的Docker容器内；监控模块用于当监控模块所在的Docker容器在计算节点上运行时，实时收集运行的Docker容器中生物信息软件的监控信息，并将监控信息进行分类后推送到kafka消息系统中进行保存；分析模块用于对kafka消息系统中每种类别的监控信息进行分析，获取每种类别的监控信息对应的分析结果。本发明实施例实现对生物信息软件的实时监控分析，根据Docker集群的部署方式运行生物信息软件提高了集群的利用率和可用性，节约成本。

技术领域

本发明属于分布式系统技术领域，尤其涉及一种生物信息软件监控系统及方法。

背景技术

在生物领域快速发展的当下，通常需要使用各种各样的生物信息软件对大量生物数据进行分析，以从生物数据中获取核心数据。

现有技术直接在集群上运行生物信息软件，系统资源被以抢占的方式使用，无法实现系统资源的自由分配。而且需要人工定时监控系统资源的使用情况和生物信息软件的运行情况，无法及时监控到这些信息，监控所需的时间长，效率低下。

综上所述，现有的生物信息软件直接在集群上运行，一方面无法实现系统资源的自由分配；另一方面，人工对生物信息的运行环境等进行监控缺乏实时性，且费时费力。

发明内容

为克服上述现有的生物信息软件直接在集群上运行，资源分配不自由，且人工监控费时费力的问题或者至少部分地解决上述问题，本发明实施例提供一种生物信息软件监控系统及方法。

根据本发明实施例的第一方面，提供一种生物信息软件监控系统，包括Docker集群、kafka消息系统、监控模块、生物信息软件和分析模块；

其中，所述Docker集群包括多个Docker容器和每个所述Docker容器所在的计算节点，所述生物信息软件和所述监控模块一一对应；

每个所述生物信息软件与其对应的所述监控模块封装在相应的Docker容器内；

所述监控模块用于当所述监控模块所在的Docker容器在所述计算节点上运行时，实时收集运行的所述Docker容器中生物信息软件的运行环境信息和日志信息，并将所述运行环境信息和日志信息进行分类后推送到所述kafka消息系统中进行保存；

所述分析模块用于对所述kafka消息系统中每种类别的运行环境信息和日志信息进行分析，获取每种类别的运行环境信息和日志信息对应的分析结果。

具体地，所述分析模块具体用于：

对所述kafka消息系统中每种类别的运行环境信息进行分析，获取所述生物信息软件的CPU使用情况、IO使用情况和MEM使用情况；

判断所述生物信息软件的CPU使用情况、IO使用情况和MEM使用情况是否超过预设资源限制；

若超过，则将所述生物信息软件超过预设资源限制的消息告知所述Docker容器，以供所述Docker容器进行相应处理，并返回错误码，以供管理人员根据所述错误码获取所述错误码对应的错误原因，根据所述错误原因对所述预设资源限制进行调节。

具体地，所述分析模块具体用于：

对所述kafka消息系统中每种类别的日志信息进行分析，根据所述日志信息分析的结果更新所述生物信息软件的运行时状态，并标记所述生物信息软件的运行步骤；其中，所述日志信息包括步骤信息和异常信息。

具体地，还包括mysql数据库；

其中，所述mysql数据库用于对所述生物信息软件多次运行的运行环境信息和日志信息进行保存；