[发明专利]单链核酸连接效率检测方法

说明书

本发明提供核酸连接效率的检测方法，包括：提供第一单链核酸和第二单链核酸；将第一单链核酸的任一端或第二单链核酸的任一端修饰后，使第一单链核酸与第二单链核酸连接，然后通过合成互补链使连接产物成为双链核酸，任选进行核酸纯化；检测所述双链核酸的浓度；计算所述核酸连接效率。本发明利用单链核酸和接头进行连接，以带有单链核酸和接头的质粒作为标准品，建立标曲，通过具体数值进行明确对比，实现高灵敏度、高精度连接效率检测。

技术领域

本发明涉及单链核酸连接效率检测方法。

背景技术

连接酶用于两段DNA或者RNA的5’磷酸末端和3’-OH末端形成磷酸二酯键变成一个分子。随着分子生物学的发展，特别是近年来基因测序技术的广泛应用。现有的分子检测方法中，连接酶被大量使用。其中单链连接对于特殊形式或特殊处理的DNA(如甲基化亚硫酸盐转化处理)具有较大优势。因此连接酶的活性是保证DNA分子检测能够准确进行的重要因素。现有单链连接酶活性检测更多依赖于琼脂糖胶检测，该方法检测灵敏度低，不易于量化。因此需要有更为准确且易于量化的单链连接酶活性检测方法。本发明利用单链核酸和接头进行连接，以带有单链核酸和接头的质粒作为标准品，建立标曲，通过具体数值进行明确对比，实现高灵敏度、高精度连接效率检测。

发明内容

本发明第一方面提供一种核酸，所述核酸

(1)包含SEQ ID NO:1或2所示序列或与其具有至少70％序列相同性的突变体；或由SEQ ID NO:1或2所示序列组成，

(2)是(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，核酸包含10-1000个碱基，优选20～500个碱基，更优选100～200个碱基。

在一个或多个实施方案中，核酸是单链核酸。

在一个或多个实施方案中，所述核酸还包含(1)SEQ ID NO:3-8中任一所示序列或与其具有至少70％序列相同性的突变体；(2)(1)的互补序列。

本发明第二方面提供一种检测单链核酸连接效率的方法，包括：

1)提供第一单链核酸和第二单链核酸，所述第一单链核酸的任一端或第二单链核酸的任一端经修饰，

2)使第一单链核酸与第二单链核酸连接，得到连接产物，

3)通过合成互补链使连接产物成为双链核酸，任选进行核酸纯化，

4)检测所述双链核酸的浓度，和

5)计算所述单链核酸连接效率。

在一个或多个实施方案中，第一单链核酸包含10-1000个碱基，优选20～500个碱基，更优选100～200个碱基。

在一个或多个实施方案中，第二单链核酸包含5-200个碱基，优选10～100个碱基，更优选20～50个碱基。

在一个或多个实施方案中，第一单链核酸和第二单链核酸的长度比为200:1～1:2，优选100:1-1:1，更优选50:1-2:1。

在一个或多个实施方案中，步骤2)的连接通过酶促法或非酶促法进行。

在一个或多个实施方案中，步骤2)中的连接包括将第一单链核酸、第二单链核酸与连接酶接触的步骤。

在一个或多个实施方案中，所述修饰阻止被修饰端的连接反应。

在一个或多个实施方案中，所述修饰是修饰5'端。优选地，修饰5'端包括化学交联和去磷酸化。

在一个或多个实施方案中，所述修饰是修饰3'端。优选地，修饰3'端包括磷酸化、C3 Spacer修饰、Amino Linker修饰、LNA修饰、双脱氧核苷酸修饰。