[发明专利]彩色大麦中P3G和C3G合成基因紧密连锁的CAPS分子标记

说明书

本发明涉及遗传分析技术领域，尤其涉及彩色大麦中P3G和C3G合成基因紧密连锁的CAPS分子标记，并提供了该分子标记的检测引物。本发明提供分子标记与与PBG.ant‑2H位点的遗传距离为0.0cM。因此能够更准确的筛选出具有P3G和C3G合成主效QTL的大麦品种或品系，将其应用于大麦育种的早代选择能够进一步的提高育种中筛选工作的准确性。

技术领域

本发明涉及遗传分析技术领域，尤其涉及彩色大麦中P3G和C3G合成基因紧密连锁的CAPS分子标记。

背景技术

彩色大麦富含花青素，对人类健康具有重要的潜在的价值，是功能食品和保健营养品开发的重要材料，而且其抗氧化性和抗突变作用不仅在大麦籽粒中可以检测到，在其发酵液中也能得到检测。研究表明，不同花青素的作用不同，保健价值也就不同，而不同颜色大麦甚至颜色相似的大麦的花青素组成都可能存在较大差异。芍药色素-3-葡萄糖苷(Peonidin-3-glucoside,P3G)和矢车菊素-3-葡萄糖苷(Cyanidin-3-glucoside,C3G)普遍存在的重要花青素成分。因此，针对P3G和C3G合成基因进行研究，对大麦的品质提高以及种质筛选或培育存在重大意义。

与形态学鉴定和细胞学鉴定等方法相比，分子标记辅助选择具有操作简便，周期短，结果准确等优点。此前的研究中，发现了与彩色大麦中P3G和C3G合成基因紧密连锁的的InDel标记，虽然InDel标记的检测方法比较简单，此前筛选获得的InDel标记离QTL的距离较远，而后续研究中并没有发现与主效QTL的遗传距离更近的分子标记。

CAPS(Cleaved amplified polymorphic sequence)即酶切扩增多态性序列标记基于PCR扩增和限制性酶切技术，可以用来检测遗传群体内不同个体之间基因组同一位点发生的SNP位点，具有稳定性好、多态性高、分型系统简单的优点。但目前为止，尚未发现有关大麦P3G和C3G合成基因/遗传位点紧密连锁CAPS分子标记序列信息的报道。

发明内容

有鉴于此，本发明要解决的技术问题在于提供彩色大麦中P3G和C3G合成基因紧密连锁的CAPS分子标记，该标记与PBG.ant-2H位点的遗传距离为0.0cM。

本发明提供了大麦P3G和C3G合成主效QTL PBG.ant-2H紧密连锁的CAPS分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。

本发明所述的彩色大麦籽粒P3G和C3G合成主效QTL为PBG.ant-2H，基于栽培大麦Hordeum vulgare cv.Morex和野生大麦AWCS079的基因组信息，在PBG.ant-2H附近发现一个与花青素合成相关的基因Ra，且该基因在两个亲本间存在可以设计CAPS的SNP位点，据此对紫色大麦RUSSIA68、无色大麦Gairdner做进一步研究。本发明以GAa1代表亲本Gairdner中Ra基因片段，49a1代表亲本Russia68中Ra基因片段，并以亲本49a1中的序列为SEQ IDNO:1。在SEQ ID NO:1中存在两个SNP位点，分别位于第170bp(T/C)和第781bp(G/A)。其中，位于第170bp的SNP位点处存在一个回文序列(167～172bp)，其为限制性内切酶MfeI的酶切位点，当该位点的基因型为T，则可以被MfeI酶切，当该位点基因型为C则无法被酶切。因此，扩增SEQ ID NO:1所示的片段，经限制性内切酶MfeI裂解及电泳检测，利用标记BACS2H的引物可以扩增出高特异性片段，且经限制性内切酶MfeI裂解后，产生在两个亲本中具有显著带型差异。

本发明还提供了检测所述分子标记的引物组，其由SEQ ID NO:2～3所示核苷酸序列的2条引物组成。