[发明专利]基于共享性引物探针检测SLCO1B1和APOE基因多态性的引物组、方法及其试剂盒

说明书

本申请公开了一种基于共享性引物探针检测SLCO1B1和APOE基因多态性的引物组、方法及其试剂盒。该方法将报告基团标记在同向性设计的野生型ARMS引物和突变型ARMS引物5′端，制备具有探针性的ARMS引物，并经筛选后用于基因的多态性检测。本方法检测灵敏度更高，特异性更强，结果更准确客观，同时设计简单，成本低廉。

技术领域

本申请涉及基因检测领域，具体涉及一种基因多态性的PCR检测。

技术背景

目前用于检测基因多态性的方法主要有以下几种：测序分型法、高分辨率熔解曲线分型法、基因芯片分型法、TaqMan探针分型法和MGB探针分型法等。测序分型法是该领域检测的金标准，但受限于操作繁琐性和设备特殊性，没有广泛推广；而其余方法都是基于PCR扩增技术衍生而来，使用相对广泛。其中，测序分型法检测过程包含PCR扩增、测序，操作繁琐，检测时间一般长达4～5个小时，而且操作过程中需要打开PCR反应管，容易带来PCR产物的污染；高分辨率熔解曲线分型法的特征是利用多态性位点的碱基不同而带来的Tm值差别，通过识别不同的Tm值而进行检测，往往野生型和突变型位点的Tm值差别不到1℃，所以需要精准识别温度的设备，这类设备比较少，而且大多属于进口，价格昂贵；基因芯片分型法检测过程包含PCR扩增、探针杂交，操作繁琐，检测时间一般长达4～5个小时，而且操作过程中需要打开PCR反应管，容易带来PCR产物的污染；TaqMan探针分型法是利用ARMS引物识别多态性位点，该方法学检测一个多态性位点需要2个反应孔，通量相对较低；MGB探针分型利用MGB标记的探针识别多态性位点，MGB探针设计难度大，价格高，且寻找一条合适的MGB探针需要筛选很多条，成本较高。

SLCO1B1和ApoE基因多态性检测对于他汀类药物使用剂量有重要意义。SLCO1B1基因编码有机阴离子转运多肽OATP1B1，该基因第5外显子521TC(Val174Ala)多态性是亚洲人群中的主要遗传变异，等位基因频率为10～15％，SLCO1B1基因的多态性显著降低OATP1B1对其底物的摄取能力，使他汀类药物如普伐他汀、阿托伐他汀和罗苏伐他汀等的血药浓度升高，导致他汀的不良反应显著升高。APOE基因位于19号染色体19q13.2，其编码的载脂蛋白APOE是一种存在于乳糜微粒和中间密度脂蛋白中的载脂蛋白，主要由肝脏和巨噬细胞产生，参与血脂的运输、存储和排泄。该基因的两个功能性SNP rs429358(c.388TC，Cys130Arg)和rs7412(c.526CT，Arg176Cys)构成3种单倍型，分别是E2(rs429358T-rs7412T)、E3(rs429358T-rs7412C)、E4(rs429358C-rs7412C)。由三种单倍型构成6种不同的基因型(E2/E2、E3/E3、E4/E4、E2/E3、E2/E4和E3/E4)。E3/E3是最常见的基因型，人群中的频率约60％。

现有技术中对人SLCO1B1和APOE基因多态性检测手段主要是上述方法。

可见上述方法仍存在诸多缺陷，有必要寻求一种新的检测方法，使检测效果更特异、灵敏度更高、通量更高、结果更客观等，同时还保证设计简单、成本低廉、操作简便、检测时间短等。基于此，特提出本申请。

发明内容

本申请的第一目的在于提供一种用于SLCO1B1和APOE基因多态性检测的共享性ARMS引物探针制备方法；

本申请的第二目的在于提供一种用于SLCO1B1和APOE基于共享性引物探针检测基因多态性的方法；

本申请的第三目的在于提供一种用于SLCO1B1和APOE基于共享性引物探针检测基因多态性引物体系、试剂盒及其应用。

为实现上述目的，本申请采用的技术方案如下：