[发明专利]用于宏基因组测序定量的标准品

说明书

本发明公开了用于宏基因组测序定量的标准品。该标准品中的微生物全部来源于人的肠道内容物或粪便。另外，标准品可以以冻干菌体或者基因组DNA两种形式呈现。例如，标准品含有20种肠道细菌，均分离于人类粪便，接近肠道微生物的实际情况。该标准品可应用于宏基因组组学分析的方法开发，可以用于评测不同的测序平台的准确性和差异性，还可用于生物信息学的建模和测试。

技术领域

本发明涉及微生物领域，更具体地，涉及用于宏基因组测序定量的标准品。

背景技术

人体的肠胃中寄居着多种多样的微生物，这些微生物被称为肠道菌群。肠道菌群按照一定的比例组成，不同的肠道菌群构成对人体的健康有着不同的影响。基于测序的肠道菌群研究已经从微生物组成的比例变化角度描述了这些肠道菌群失调状态。虽然这些相对比例能检测疾病相关微生物的变异，但它们揭示微生物与宿主健康之间相互作用的能力有限。微生物学相对数据的对比分析不能提供关于微生物类群丰度或代谢潜力变化的程度或方向的信息。如果微生物总量在样品之间有很大差异，那么相对分析将真正将微生物学特征与定量数据(如生理参数或代谢物浓度)联系在一起。目前大多数对于肠道微生物菌群结构的研究并不能体现出具体微生物数量改变对宿主带来的影响，这些相对比例研究忽略了总体微生物丰度本身的改变可能是引起宿主产生疾病的主要原因这一可能性。所以，为了真正体现宿主-微生物群的相互作用，微生物群的研究须将比例变成绝对量。

发明内容

本发明为开发一种模拟肠道微生物群落的标准品，可应用于微生物宏基因组研究领域，从方法优化到数据解释，并作为微生物生物信息分析的全过程和日常运行的质控。适合于任何平台上进行确认测试和测试开发。用于宏基因组学研究，并提高运行后数据的一致性和再现性。

本发明提供了一种用于宏基因组测序定量的标准品，所述标准品中的微生物全部来源于人的肠道内容物或粪便。

在上述用于宏基因组测序定量的标准品中，所述标准品包含20种不同种属的肠道细菌。

本发明还提供了一种用于宏基因组测序定量的标准品，所述标准品为全部来源于人的肠道内容物或粪便的微生物的基因组DNA。

本发明公开了用于宏基因组测序定量的标准品。该标准品中的微生物全部来源于人的肠道内容物或粪便。例如，标准品含有20种肠道细菌，均分离于人类粪便，接近肠道微生物的实际情况。另外，标准品可以以冻干菌体或者基因组DNA两种形式呈现。该标准品可应用于宏基因组组学分析的方法开发，可以用于评测不同的测序平台的准确性和差异性，还可用于生物信息学的建模和测试。

附图说明

图1示出了模拟肠道微生物群落标准品测序后的菌群丰度。

具体实施方式

下面的实施例可以使本领域技术人员更全面地理解本发明，但不以任何方式限制本发明。除非另有说明，本发明使用的原料均为商购的常规材料和试剂。

本发明提供一种模拟肠道微生物群落的标准品，标准品中的微生物全部来源于人的肠道内容物或粪便，更加接近真实情况。从新鲜粪便中分离方法为常规的微生物分离培养方法，采样BHI或MRS培养基对样品进行厌氧培养，挑取单菌落划线纯化并鉴定。

1.粪便微生物分离培养及鉴定的操作流程

(1)具体操作流程

样品预处理：

a.称取0.2g粪便样品，加1.8mL磷酸缓冲液(PBS)或生理盐水，置于金属浴中300rpm，震荡5min；

b.50g离心15min，取1mL上层悬液；

c.8000g离心5min，吸去上层液体，往沉淀中加入1mL PBS重悬；

d.重复步骤c两次；