[发明专利]一种基于组织外泌体磷酸化蛋白组的多组学分析方法有效
| 申请号: | 201911173160.5 | 申请日: | 2019-11-26 |
| 公开(公告)号: | CN110957007B | 公开(公告)日: | 2023-04-28 |
| 发明(设计)人: | 肖华;乔智;张岩 | 申请(专利权)人: | 上海交通大学 |
| 主分类号: | G16B20/30 | 分类号: | G16B20/30;G16B30/00;C12Q1/6886;G01N33/574;G01N33/68 |
| 代理公司: | 上海汉声知识产权代理有限公司 31236 | 代理人: | 胡晶 |
| 地址: | 200240 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 基于 组织 外泌体 磷酸化 蛋白组 多组学 分析 方法 | ||
1.一种基于组织外泌体磷酸化蛋白组的多组学分析方法,其特征在于,包括以下步骤:
S1、对组织样本的外泌体进行分离和磷酸化蛋白的特异性富集;
S2、对富集后的磷酸化蛋白进行测序分析,获得主调控激酶;
S3、对组织样本的转录组数据进行分析,获得主调控转录因子;
S4、对组织样本的基因组变异数据进行分析,获得肿瘤相关基因;
S5、将步骤S2、S3、S4获得的分析数据进行策略分析,获得癌症相关的主调控激酶网络和药物作用靶点;
步骤S5中,所述策略分析包括应用TieDIE算法,Multinet作为相互作用的背景网络,进行两个策略分析,对两个策略分析的差异结果对比后进行癌症特征富集分析和药物靶点分析,由此获得药物靶点。
2.根据权利要求1所述的基于组织外泌体磷酸化蛋白组的多组学分析方法,其特征在于,步骤S1中,所述组织样本为离体的癌症组织和癌旁组织。
3.根据权利要求1所述的基于组织外泌体磷酸化蛋白组的多组学分析方法,其特征在于,步骤S2中,所述测序分析具体采用固定化亲和色谱方法和同位素标记的定量蛋白质组学技术,然后通过Viper算法计算得到主调控激酶。
4.根据权利要求1所述的基于组织外泌体磷酸化蛋白组的多组学分析方法,其特征在于,步骤S3中,所述组织样本的转录组数据来自对组织样本进行转录组测序分析得到,或来自数据库中与实验样本信息相匹配的转录组数据;通过Viper算法计算主调控转录因子。
5.根据权利要求1所述的基于组织外泌体磷酸化蛋白组的多组学分析方法,其特征在于,步骤S4中,所述组织样本的基因组变异数据来自数据库中与实验样本信息相匹配的基因组变异数据,包括癌症患者的拷贝数变异样本数据和体细胞突变数据;通过对拷贝数变异样本数据进行癌症中重要靶点分析,和体细胞突变数据的分析;将拷贝数变异基因与体细胞突变基因合并,再与最新的癌症中体细胞突变目录COSMIC数据取交集,最终获得癌症相关基因。
6.根据权利要求1所述的基于组织外泌体磷酸化蛋白组的多组学分析方法,其特征在于,所述策略分析中,第一个策略分析包括:将步骤S3和S4获得的数据进行整合分析,揭示主调控转录因子和癌症相关基因的调控关系。
7.根据权利要求1所述的基于组织外泌体磷酸化蛋白组的多组学分析方法,其特征在于,所述策略分析中,第二个策略分析包括:将步骤S2、S3和S4获得的数据进行整合分析,揭示主调控转录因子、主调控激酶和癌症相关基因的调控关系。
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