[发明专利]转化DNA回收率的检测方法及引物

权利要求书

1.一种检测DNA回收率的方法，包括：

1)用引物对DNA样品进行qPCR，获得转化的Ct值，其中所述DNA样品经转化以使未经修饰的胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶碱基，所述引物识别所述DNA样品中的无胞嘧啶碱基DNA片段；和

2)使用所述Ct值以及用所述引物对未转化的DNA样品进行qPCR所获得的Ct值计算DNA回收率。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括用所述引物对未转化的DNA样品进行qPCR获得未转化的Ct值的步骤。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在一个或多个实施方案中，所述修饰是甲基化。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，

所述转化使用酶促方法进行，优选脱氨酶处理，或

所述转化使用非酶促方法进行，优选用亚硫酸氢盐或重硫酸盐处理，更优选使用亚硫酸氢钙、亚硫酸氢钠、亚硫酸氢钾、亚硫酸氢铵、重硫酸钠、重硫酸钾和重硫酸铵处理。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括，在转化前通过非酶促或酶促方法对经修饰的胞嘧啶进行保护，所述保护优选用TET2和/或氧化增强剂进行。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，如下计算DNA回收率：

ΔCt＝Ct(转化后)-Ct(未转化)

回收率＝2^-ΔCt。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述引物包含第一引物和第二引物，第一引物不含C且第二引物不含G，优选地，所述引物在qPCR中形成的扩增产物为50-500bp，100-400bp，150-300bp或200-250bp，优选50-150bp，更优选80-100bp。

8.如权利要求7所述的方法，其特征在于，所述引物具有选自以下的一个或多个特征：

第一引物的长度为5-50个核苷酸，优选10-40个核苷酸，更优选15-30个核苷酸，

第一引物含有30-50％的A，优选40％的A，

第一引物含有20-40％的T，优选28％的T，

第一引物含有25-35％的G，优选32％的G，

第一引物含有30-50％的A、20-40％的T和25-35％的G，

第一引物包含SEQ ID NO:1或与SEQ ID NO:1有至少70％序列相同性的突变体，或由其组成，

第二引物的长度为5-50个核苷酸，优选10-40个核苷酸，更优选15-30个核苷酸，

第二引物含有2-15％的A，优选6％的A，

第二引物含有20-35％的T，优选29％的T，

第二引物含有61-75％的C，优选65％的C，

第二引物含有2-15％的A、20-35％的T和61-75％的C，

第二引物包含SEQ ID NO:2或与SEQ ID NO:2有至少70％序列相同性的突变体，或由其组成。

9.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：用识别转化后DNA的引物对经转化的DNA样品进行qPCR，获得Ct值，然后评估步骤2)中的DNA回收率。

10.如权利要求9所述的方法，其特征在于，识别转化后DNA的引物是ACTB引物，所述评估包括：若两种试剂中回收率高的试剂的ACTB检测结果显示较低的Ct值，则所述回收率高的试剂优于另一试剂，

优选地，ACTB引物包含SEQ ID NO:3或与SEQ ID NO:3有至少70％序列相同性的突变体，或由其组成；和/或，ACTB引物包含SEQ ID NO:4或与SEQ ID NO:4有至少70％序列相同性的突变体，或由其组成。