[发明专利]一种miRNA海绵互作对的识别方法有效
申请号: | 201911064153.1 | 申请日: | 2019-11-01 |
公开(公告)号: | CN110993020B | 公开(公告)日: | 2021-05-14 |
发明(设计)人: | 张俊鹏;饶妮妮;王光斌 | 申请(专利权)人: | 电子科技大学;电子科技大学广东电子信息工程研究院 |
主分类号: | G16B20/00 | 分类号: | G16B20/00;G16B40/00 |
代理公司: | 四川省成都市天策商标专利事务所 51213 | 代理人: | 张秀敏 |
地址: | 610054 四川省成*** | 国省代码: | 四川;51 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 mirna 海绵 作对 识别 方法 | ||
1.一种微小核糖核酸miRNA海绵互作对的识别方法,其特征在于,包括:
获取样本的海绵基因表达矩阵、靶基因表达矩阵以及miRNA表达矩阵;
根据所述样本的海绵基因表达矩阵、所述靶基因表达矩阵、所述miRNA表达矩阵以及预设的miRNA-靶基因调控关系数据,计算所述样本的海绵基因和靶基因的miRNA海绵互作对识别参数;
若所述样本的海绵基因和靶基因的miRNA海绵互作对识别参数符合作为预设条件的miRNA-靶基因调控关系数据,则确认所述样本的海绵基因和靶基因为miRNA海绵互作对;
所述样本的海绵基因表达矩阵中包括多个匹配样本的海绵基因表达矩阵,每个所述匹配样本的海绵基因表达矩阵中包括多个海绵基因;
所述样本的靶基因表达矩阵中包括多个匹配样本的靶基因表达矩阵,每个所述匹配样本的靶基因表达矩阵中包括多个靶基因;
相应的,根据所述样本的海绵基因表达矩阵、所述靶基因表达矩阵、所述miRNA表达矩阵以及预设的miRNA-靶基因调控关系数据,计算所述匹配样本的海绵基因和靶基因的miRNA海绵互作对识别参数,包括:
根据一个所述海绵基因、与所述海绵基因为互作对的靶基因、以及所述预设的miRNA-靶基因调控关系数据,计算所述海绵基因、靶基因的miRNA海绵互作对识别参数;
所述miRNA海绵互作对识别参数包括:
所述海绵基因和所述靶基因之间的共享miRNA的统计显著性、所述海绵基因和所述靶基因之间的互信息值的显著性、所述海绵基因和所述靶基因之间敏感性条件互信息值;
相应的,根据一个所述海绵基因、与所述海绵基因为互作对的所述靶基因、以及所述预设的miRNA-靶基因调控关系数据,计算所述海绵基因、靶基因的miRNA海绵互作对识别参数,包括:
根据一个所述海绵基因、所述靶基因、以及所述预设的miRNA-靶基因调控关系数据,计算所述海绵基因和所述靶基因之间的共享miRNA的统计显著性、所述海绵基因和所述靶基因之间的互信息值的显著性、所述海绵基因和所述靶基因之间敏感性条件互信息值;
若所述miRNA海绵互作对识别参数符合预设条件,则确认所述匹配样本的海绵基因和靶基因为miRNA海绵互作对,包括:
若所述海绵基因和所述靶基因之间的共享miRNA的统计显著性小于第一阈值、所述海绵基因和所述靶基因之间的互信息值的显著性小于第一阈值、所述海绵基因和所述靶基因之间敏感性条件互信息值大于第二阈值,则确认所述海绵基因和所述靶基因为miRNA海绵互作对;
在确认所述匹配样本的海绵基因和靶基因为miRNA海绵互作对之后,还包括:
将多个所述miRNA海绵互作对融合成为与所述海绵基因关联的miRNA海绵互作网络;
通过预设评估算法获取与所述海绵基因关联的miRNA海绵互作网络的评估数据。
2.一种miRNA海绵互作对的识别装置,其特征在于,包括:
获取模块,用于获取样本的海绵基因表达矩阵、靶基因表达矩阵以及miRNA表达矩阵;
计算模块,用于根据所述样本的海绵基因表达矩阵、所述靶基因表达矩阵、所述miRNA表达矩阵以及预设的miRNA-靶基因调控关系数据,计算匹配样本的海绵基因和靶基因的miRNA海绵互作对识别参数;
确认模块,用于若所述匹配样本的海绵基因和靶基因的miRNA海绵互作对识别参数符合预设条件,则确认所述匹配样本的海绵基因和靶基因为miRNA海绵互作对。
3.根据权利要求2所述的装置,其特征在于,所述样本的海绵基因表达矩阵中包括多个匹配样本的海绵基因表达矩阵,每个所述匹配样本的海绵基因表达矩阵中包括多个海绵基因;
所述样本的靶基因表达矩阵中包括多个匹配样本的靶基因表达矩阵,每个所述匹配样本的靶基因表达矩阵中包括多个靶基因;
相应的,所述计算模块,具体用于根据一个所述海绵基因、与所述海绵基因为互作对的靶基因、以及所述预设的miRNA-靶基因调控关系数据,计算所述海绵基因、所述靶基因的miRNA海绵互作对识别参数。
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